Mezi hlavní kritéria výběru prioritních zemí patří:
- potřebnost rozvojové spolupráce (= partnerská země patří mezi rozvojové země dle mezinárodní klasifikace OECD),
- zájem o spolupráci s ČR, dosavadní úroveň celkových vzájemných vztahů,
- výsledky dosavadní rozvojové spolupráce a přidaná hodnota ČR,
- dělba práce s ostatními donory.

V období 2010 - 2017 měla ČR pět prioritních partnerských zemí s programem rozvojové spolupráce  (Afghánistán, Bosna a Hercegovina, Etiopie, Moldavsko, Mongolsko); bilaterální ZRS byla dále realizována rovněž v zemích tzv. projektových (Gruzie, Kambodža, Kosovo, Palestinská autonomní území, Srbsko) a v zemích dříve programových, s nimiž byla spolupráce postupně ukončována (Angola, Jemen, Vietnam, Zambie).

Strategie zahraniční rozvojové spolupráce ČR 2018 - 2030 stanovila na období 2018 - 2023 šest prioritních zemí s programem spolupráce (Bosna a Hercegovina, Etiopie, Gruzie, Kambodža, Moldavsko, Zambie). Mezi specifické země byly zařazeny Afghánistán, Sýrie a Ukrajina, které měly zvláštními usneseními vlády schválené specifické prostředky na humanitární, stabilizační a rozvojovou spolupráci.