Mezi hlavní kritéria výběru prioritních zemí patří:
- potřebnost rozvojové spolupráce (= partnerská země patří mezi rozvojové země dle mezinárodní klasifikace OECD),
- zájem o spolupráci s ČR, dosavadní úroveň celkových vzájemných vztahů,
- výsledky dosavadní rozvojové spolupráce a přidaná hodnota ČR,
- dělba práce s ostatními donory.

V období 2010 - 2017 měla ČR pět prioritních partnerských zemí s programem rozvojové spolupráce  (Afghánistán, Bosna a Hercegovina, Etiopie, Moldavsko, Mongolsko); bilaterální ZRS byla dále realizována rovněž v zemích tzv. projektových (Gruzie, Kambodža, Kosovo, Palestinská autonomní území, Srbsko) a v zemích dříve programových, s nimiž byla spolupráce postupně ukončována (Angola, Jemen, Vietnam, Zambie).

Strategie zahraniční rozvojové spolupráce ČR 2018 - 2030 stanovila na období 2018 - 2023 šest prioritních zemí s programem spolupráce (Bosna a Hercegovina, Etiopie, Gruzie, Kambodža, Moldavsko, Zambie). Mezi specifické země byly zařazeny Afghánistán, Sýrie a Ukrajina, které měly zvláštními usneseními vlády schválené specifické prostředky na humanitární, stabilizační a rozvojovou spolupráci. 
 

Vedle geografických priorit stanovuje ČR také tematické priority své zahraniční rozvojové spolupráce.

Pro léta 2010–2017 bylo v návaznosti na Rozvojové cíle tisíciletí identifikováno pět prioritních tematických oblastí ZRS: životní prostředí; zemědělství; sociální rozvoj; ekonomický rozvoj; podpora demokracie, lidských práv a společenské transformace.

Na období 2018 - 2030 byly v návaznosti na Cíle udržitelného rozvoje tematické priority stanoveny takto: zemědělství a rozvoj venkova, udržitelné nakládání s přírodními zdroji, ekonomická transformace a růst, inkluzivní sociální rozvoj, řádná demokratická správa věcí veřejných.

Důraz na řádnou veřejnou správu (good governance), dodržování lidských práv a genderové rovnosti a šetrnost k životnímu prostředí (s ohledem na změnu klimatu) jsou průřezovými principy, jež jsou zohledňovány ve všech rozvojových aktivitách.