Pouze v Irsku se dne 12. června 2008 konalo referendum, v němž irský lid ratifikaci Lisabonské smlouvy odmítl (účast 53.1%; 46.6% PRO : 53.4% PROTI). S cílem reagovat na obavy irského lidu ohledně dopadů Lisabonské smlouvy na oblast daňové politiky, práva na život, vzdělání a rodiny, jakož i na irskou tradiční politiku vojenské neutrality, přijaly hlavy států a předsedové vlád 27 členských států EU zasedajících v Evropské radě v červnu 2009 rozhodnutí, které potvrzuje, že Lisabonská smlouva neovlivní uvedené záležitosti znepokojující irský lid. Poskytnutí této záruky umožnilo konání druhého referenda v Irsku. Uskutečnilo se dne 2. října 2009 a většina irských občanů se vyslovila pro ratifikaci Lisabonské smlouvy (účast 59%; 67.1% PRO : 32.9% PROTI). Následně dne 15. října 2009 irská prezidentka Mary McAleese Lisabonskou smlouvu ratifikovala.

V Německu Lisabonskou smlouvu posuzoval obdobně jako v České republice Ústavní soud. Ačkoliv Spolkový ústavní soud shledal Lisabonskou smlouvu v souladu s německým Základním zákonem (Ústava SRN), možnost její ratifikace podmínil změnou tzv. „doprovodného zákona“, jenž upravuje kontrolní pravomoci spolkového parlamentu ve vztahu ke spolkové vládě ve vybraných evropských záležitostech. Spolkový ústavní soud konstatoval, že tento zákon nepřiznává spolkovému parlamentu takovou míru účasti, jakou požaduje Základní zákon. Revidovaný doprovodný zákon byl přijat v září 2009, čímž odpadla překážka ratifikace a celý proces mohl být ve Spolkové republice Německo úspěšně dokončen. SRN uložila svou ratifikační listinu dne 25. října 2009.

Ratifikační proces Lisabonské smlouvy byl završen uložením ratifikačních listin všech členských států EU u vlády Italské republiky, jež je depozitářem Lisabonské smlouvy (jakož i ostatních mezinárodních smluv, které tvoří tzv. primární právo EU). Stalo se tak v Římě dne 13. listopadu 2009 uložením ratifikační listiny České republiky během návštěvy předsedy vlády ČR Jana Fischera. V souladu se svým článkem 6 odst. 2 vstoupí Lisabonská smlouva v platnost dne 1. prosince 2009. 

Data uložení ratifikačních listin k Lisabonské smlouvě: