Jeho hlavním úkolem je zastupovat Českou republiku a hájit její zájmy v řízeních před Soudním dvorem EU, jichž je Česká republika účastníkem nebo která se bezprostředně dotýkají zájmů České republiky a jejích občanů. Vyjádření České republiky vypracovává vládní zmocněnec vždy ve spolupráci s příslušnými orgány, jejichž působnosti se daná problematika dotýká. Blíže je činnost vládního zmocněnce upravena usnesením vlády č. 601 ze dne 20. srpna 2025, souvisí s ní též zákon č. 186/2011 Sb., o poskytování součinnosti pro účely řízení před některými mezinárodními soudy a jinými mezinárodními kontrolními orgány a o změně zákona č. 99/1963 Sb., občanský soudní řád, ve znění pozdějších předpisů.

Z hlediska ochrany zájmů České republiky jsou nejvýznamnější tři typy řízení:

České republice je vytýkáno porušení unijního práva

Toto řízení, tzv. řízení pro porušení Smluv či řízení o porušení povinnosti vede Evropská komise, pokud má za to, že členský stát porušuje unijní právo. Řízení je zahájeno výměnou stanovisek mezi členským státem a Komisí, v případě nevyjasnění záležitosti pak pokračuje před Soudním dvorem Evropské unie. Řízení může skončit rozsudkem ukládajícím finanční sankci, která může být pro členský stát velmi citelná. Blíže k průběhu řízení.

V současné době je proti České republice vedeno přibližně 50 řízení tohoto typu.

Česká republika napadá platnost unijního aktu

Členský stát může také podat žalobu na neplatnost aktu orgánu Unie, případně na jeho nečinnost. Jedná se fakticky o jediný způsob, jak se lze bránit rozhodnutím unijních orgánů, zejména Evropské komise, má-li Česká republika za to, že jsou v rozporu s unijním právem. Blíže k průběhu řízení. 

Poprvé bylo touto cestou například získáno zpět do státního rozpočtu přes 300 milionů Kč ve věci nadlimitních zásob zemědělských komodit (případ T-248/07), nebo přes 52 milionů Kč ve věci restrukturalizace vinic (případ C-4/17 P). Každoročně podává Česká republika jednu až dvě žaloby, nejčastěji na neplatnost rozhodnutí Evropské komise týkající se finančních oprav.

Česká republika požaduje náhradu škody nebo vydání bezdůvodné obohacení

Členský stát se také může domáhat náhrady škody způsobené orgány či zaměstnanci EU, případně vydání částky, o kterou se EU bezdůvodně obohatila.

České republice se na základě žaloby na vydání bezdůvodného obohacení např. podařilo zpět do svého rozpočtu získat přes 60 milionů Kč ve věci správného postupu celních orgánů při kontrolách dovozů z Asie (případ T-329/23).

Česká republika usiluje o ovlivnění výkladu unijního právního předpisu ve svůj prospěch

V rámci řízení o předběžné otázce má Česká republika možnost vyjádřit se k otázkám výkladu konkrétních ustanovení předpisů unijního práva. Tyto otázky Soudnímu dvoru Evropské unie pokládají vnitrostátní soudy členských států. Česká republika se zapojuje do těch řízení, v nichž může mít odpověď na posuzovanou otázku přímý dopad na českou právní úpravu či praxi. Výklad, který Soudní dvůr Evropské unie v tomto řízení přijme, je totiž následně závazný ve všech členských státech. Blíže k průběhu řízení. 

Česká republika se vyjadřuje každoročně k cca 65 řízením, nejčastěji v oblasti daní, justiční spolupráce v trestní i civilní oblasti, volného pohybu osob a spotřebitelských sporů.

O své činnosti vládní zmocněnec předkládá vládě pravidelné výroční zprávy.