UNAIDS se zaměřuje na podporu prevence a léčby nemoci HIV/AIDS, na podporu osob žijících s virem HIV a na snižování zranitelnosti vybraných osob a komunit k nákaze virem HIV. V současnosti pracuje UNAIDS ve více než 80 zemích světa.

V rámci svého mandátu se UNAIDS zabývá širokým okruhem kulturních, zdravotních, sociálních a ekonomických témat které mají vztah k problematice nemoci HIV/ AIDS. Tato témata zahrnují také otázky rovnosti pohlaví a posílení práv žen či nebezpečí šíření HIV/AID v období přírodních a humanitárních katastrof. UNAIDS vydává doporučení pro práci s rizikovými skupinami, které mohou přispívat k šíření nemoci HIV/AIDS, jako jsou například vojáci zahraničních mírových misí, homosexuálové, uživatelé omamných látek, mladí lidé a sirotci. Jedním z klíčových témat je také boj proti stigmatizaci a diskriminaci osob žijících s nákazou HIV/AIDS.

Činnost UNAIDS je financována z příspěvků sponzorských organizací (prostřednictvím vlád členských států) a také z dobrovolných příspěvků nadací, soukromých společností, filantropických organizací a skupin (včetně univerzit, sportovních klubů a dalších).