Hodnocení zaměstnanců je jedním z motivačních nástrojů MZV. Hodnotitel je povinen zpracovat hodnocení podřízeného zaměstnance, tato povinnost je zakotvena v interních normách MZV. Hodnocení je zpracováváno každoročně k 31.12., dále pak v případech podání přihlášky hodnoceného do vnitřního výběrového řízení a při přeřazení hodnoceného či hodnotitele do jiného útvaru.