Významnou roli při ochraně schengenského prostoru hraje Schengenský informační systém (SIS), který byl zřízen jako nezbytné opatření směřující k omezení bezpečnostních rizik plynoucích z volného pohybu osob a věcí v rámci schengenského prostoru. SIS je rozsáhlá mezinárodní databáze, která umožňuje příslušným orgánům na vnějších hranicích i v rámci společného vnitřního prostoru využívat údaje o osobách a předmětech, které byly do databáze zaneseny v jakékoli jiné členské zemi, a v určitých případech adekvátně reagovat (např. zabránit ve vstupu na území schengenského prostoru osobě, které byl udělen zákaz vstupu v jiné členské zemi, nebo zadržet osobu, která je hledána policií v jiném členském státě). SIS je využíván při provádění hraničních kontrol, policejních a celních kontrol uvnitř schengenského prostoru, při řízení o udělování víz, vydávání povolení k pobytu apod.

Dne 7. března 2023 byla spuštěna nová generace Schengenského informačního systému, která přinesla jasnější pravidla a posílila opatření zejména s ohledem na nové výzvy v oblasti migrace a bezpečnosti. Součástí SIS jsou nyní nově též kategorie záznamů o dětech, kterým hrozí únos, a o ohrožených zranitelných osobách. Tyto záznamy pomohou zabránit únosům dětí a jejich nezákonnému zavlečení do zahraničí. V řešení nelegální migrace pak pomůže nová kategorie záznamů o rozhodnutích o navrácení a zdokonalené nástroje pro lepší identifikaci státních příslušníků zemí mimo EU, na něž se tyto záznamy vztahují. SIS – Schengenský informační systém (PDF, 152 KB)