Aplikace průřezových priorit v rámci ZRS ČR se řídí metodikou průřezových priorit, která je ke stažení níže.

Metodika se zaměřuje na tři průřezové priority, které jsou zakotveny ve Strategii zahraniční rozvojové spolupráce ČR 2018-2030 a opírají se o globální rámec Agendy 2030 pro udržitelný rozvoj: 

1) řádná (demokratická) správa věcí veřejných; 

2) respektování lidských práv a podpora genderové rovnosti;

3) šetrný přístup k přírodním zdrojům a ochrana životního prostředí, klimatu a biodiverzity.