Počátek kontaktů
Nezávislost Malajské federace byla vyhlášena 31. srpna 1957 v rámci Britského společenství. U této příležitosti zaslal 2. září 1957 předseda vlády ČSR Viliam Široký ministerskému předsedovi Malajské federace Tunku Abdul Rahmanovi blahopřejný telegram.

Neúspěšná iniciativa
Brzy poté československá strana iniciovala jednání o navázání diplomatických styků s Malajsií a to prostřednictvím svých tehdejších zastupitelských úřadů v Londýně, Tokiu, Jakartě a Dillí. Tato inciativa však nebyla dotažena do zdárného konce.

Změna malajsijské strategie
Malajsie překonala nedůvěru k socialistickým státům koncem šedesátých let, kdy začala projevovat zájem o spolupráci s nimi. Do některých těchto zemí vyslala obchodní delegace. Malajsie také potvrdila zájem o navázání diplomatických styků s ČSSR. Československá vláda vyslovila souhlas s navázáním diplomatických styků s Malajsií na úrovni velvyslanectví v květnu roku 1971.

Výměna komuniké
Jednání s malajsijskou stranou byla vedena prostřednictvím titulářů obou zemí se sídlem v Moskvě. Československá nóta navrhující společné komuniké o navázání diplomatických styků byla malajsijskému tituláři předána 18. června 1971. Malajsijský velvyslanec v Moskvě předal 16. září 1971 československé straně nótu, v níž bylo uvedeno, že vláda Malajsie souhlasí v principu s navázáním diplomatických styků s ČSSR, ovšem navrhuje pozměnit text společného komuniké. Jelikož malajsijská nóta právně neměnila podstatu vzniku diplomatických styků, oficiálním datem, kdy došlo k jejich navázání, zůstává 16. září 1971.

Úroveň diplomatických styků
Úroveň diplomatických styků byla určena udělením agrément dne 17. září 1973 velvyslanci Jiřímu Pinkavovi, sídlícímu tehdy v Jakartě. Diplomatické zastoupení ČSSR v Malajsii bylo poté realizováno prostřednictvím československého velvyslanectví v Indonésii. Zájmy Malajsie v tehdejším Československu zastupoval malajsijský velvyslanec se sídlem ve Varšavě. Československý zastupitelský úřad /velvyslanectví/ v Kuala Lumpur vedený chargé d‘ affaires a.i. zahájil oficiálně svoji činnost 5. prosince 1974.

Konsolidace zastoupení
K 1. lednu 1993 Malajsie uznala Českou republiku a potvrdila kontinuitu vzájemných vztahů. Dne 5. ledna 1998 se zastupitelský úřad v Kuala Lumpur osamostatnil a od srpna roku 2000 je veden velvyslancem. Dne 28. listopadu 2001 Malajsie otevřela svůj zastupitelský úřad v Praze na úrovni velvyslance.

Vedoucí zastupitelského úřadu v Kuala Lumpur

• Milan Hupcej, velvyslanec 2019 - 2023
• Ing. Rudolf Hykl, MPP, velvyslanec 2014 - 2018
• PhDr. Jan Füry, velvyslanec 2008 - 2013
• Ing. Dana Huňátová, velvyslankyně 2004 – 2008
• PhDr.Vítězslav Grepl, velvyslanec 2000 – 2004
• Ivan Hotěk, CDA a.i. 1995 – 2000
• Jaromír Deyl, CDA a.i. 1991 – 1994
• Miroslav Jordán, CDA a.i. 1986 – 1991
• Dr. Milan Koudelka, velvyslanec /Jakarta/ 8. 9. 1982
• František Váca, CDA, a.i. 17. 9. 1980
• Ing. František Bohatý, CDA a.i.
• Dr. Milan Mácha, velvyslanec /Jakarta/ 30. 7. 1975
• Dr. Jiří Pinkava, velvyslanec /Jakarta/ 19. 2. 1974