Archeologické nálezy v tomto místě potvrzují větší počet středověkých domů ze dřeva i kamene, které však byly značně poničeny velkým malostranským požárem v roce 1541. V 17. století prostor zabíralo několik měšťanských domů v majetku Lobkowiczů, které roku 1685 zakoupil Michael Oswald hrabě Thun s cílem vybudovat zde své reprezentativní šlechtické sídlo. Prestižní lokalita v blízkosti Pražského hradu i velkorysý architektonický návrh odrážely tehdejší vysoké postavení i ambice Thunů.

Michael Osvald hrabě Thun-Hohenstein (1631-1694) zastával významné zemské úřady ve správě Českého království a usiloval i o knížecí titul. Proslul jako jeden z nejaktivnějších stavebníků své doby. Zámecké a církevní stavby budoval na svých venkovských panstvích v různých částech Čech, například v Klášterci nad Ohří, Žehušicích či v Ledči nad Sázavou. Pro své záměry získával významné architekty, jako byl Lurago, Caratti či Mathey. Francouzský malíř a architekt Jean-Baptiste Mathey v 70. letech 17. století pracoval na některých objektech v Praze. Thuna zaujal svou zřetelnou italskou inspirací natolik, že mu svěřil projekt svého sídla. Mathey předložil plán paláce ve stylu klasického římského baroka, tvořeného čtyřmi křídly o třech patrech a s obdélníkovým vnitřním nádvořím se dvěma kašnami. Provedení stavby se ujal stavitel Jacopo Antonio Canevale.