7月22日夜に日本に到着した大統領は、翌7月23日に兵庫県姫路市を訪問し、プラハ城と姫路城を結ぶ姉妹城協定の締結式に立ち合いました。両城はともにユネスコの世界遺産に登録されており、文化遺産の保護保全の観点で共通の課題を有しています。同日、大統領は原爆投下から80年を迎える広島県広島市を訪問しました。大統領は平和記念公園内の原爆死没者慰霊碑に献花をしたほか、平和記念資料館の見学後には記帳を行いました。広島平和記念公園では、チェコ人建築家ヤン・レツルが設計した原爆ドーム内部を見学する機会も得ました。その後、大統領は宮島で一日を締めくくり、日本におけるもう一つの重要なユネスコ世界遺産である厳島神社に足を運びました。

翌7月24日、大統領は高円宮妃殿下や他の日本の要人らと共に、大阪・関西万博2025のチェコ共和国ナショナルデーに参加しました。この記念すべき日は、チェコフィルハーモニー管弦楽団、チェコ放送児童合唱団、サーカス団「ラ・プティカ」、歌手アイコによる歌唱からなるプロジェクト「The Strings」により充実した文化プログラムが催されました。その後もチェコパビリオンでの各プログラムに参加しました。

7月25日、大統領は東京にて、日本商工会議所、チェコ産業連盟および海外投融資情報財団の協力により開催された「チェコ・日本 ビジネス・レジリエンスフォーラム2025」を開会しました。

その後、大統領は天皇陛下とのご会見に臨みました。また、石破茂内閣総理大臣との面会も行いました。大統領のスケジュールには、東京大学で開催された「インド太平洋とヨーロッパの安全保障利益」をテーマにした安全保障セミナーでの講演も含まれていました。その日は、東京にある駐日チェコ共和国大使館でのレセプションで締めくくられ、そこで、在日チェコ人コミュニティの代表者、東京外国語大学（TUFS）のチェコ学科の教授や学生、各日チェコ友好協会の代表者、その他チェコと日本の関係を支えてくださっている皆様と面会しました。  

7月26日、ペトル・パヴェル大統領は日本を出発しました。この訪問は、チェコと日本との間の極めて良好な関係を再確認するものとなりました。