Program dopoledního jednání zahrnoval prezentaci priorit estonského předsednictví, kterými jsou otevřené a inovativní evropské hospodářství, bezpečná a spolehlivá Evropa, digitální Evropa a volný pohyb dat, a také inkluzivní a udržitelná Evropa. Zástupci ČS EU dále hovořili o přípravě říjnové Evropské rady, kde budou mezi hlavní témata patřit migrace, obrana, digitální Evropa či vnější vztahy. Státní tajemník Aleš Chmelař v tomto kontextu vyzdvihnul důležitost stálé strukturované spolupráce v oblasti obrany (PESCO - Permanent Structured Cooperation) a informoval o záměru české vlády přistoupit k PESCO na počátku října. V oblasti migrace vyzval k posílení spolupráce se zeměmi původu a tranzitu a informoval partnery o českých příspěvcích: „Česká vláda v průběhu července a srpna schválila příspěvek 1 milion EUR pro libyjskou pobřežní stráž a 1 milion EUR  na protipašerácké aktivity v regionu Sahelu. Dále se účastníme společného česko-italského projektu na Pobřeží slonoviny, který ma za cíl předejít hlavním zdrojům migrace z tohoto státu.“ Říjnová Evropská rada rovněž vyhodnotí, jak se EU daří naplňovat to, co si předsevzala na předchozích zasedáních.
 
Záměry Evropské komise v legislativním programování představil její místopředseda Frans Timmermans, v následné diskusi sdělily své pozice a priority k pracovnímu programu EK pro rok 2018 také jednotlivé členské státy Unie.
 
V závěru dopoledne proběhla také rozprava o současné situaci v oblasti právního státu v Polsku, kde opakovaně zazněl názor, že mezi Polskem a Evropskou komisí musí i nadále probíhat otevřený dialog na co nejvyšší úrovni k vyřešení současných sporů. Zároveň bylo vícekrát zdůrazněno, že dodržování zásad právního státu jako jedné ze základních hodnot EU je zcela nezbytné a je klíčem k řešení současné situace. Neformální pracovní oběd byl zároveň diskusí o tématech souvisejících s koncem mandátu současného Evropského parlamentu.
 
Odpolední zasedání Rady již bylo věnováno informaci k dosavadnímu stavu vyjednávání se Spojeným královstvím v otázce jeho záměru vystoupit z EU. Hlavní unijní vyjednavač Michel Barnier zpravil ministry o aktuálním stavu v hlavních kapitolách dohody o vystoupení, které se týkají práv občanů, finančního vyrovnání a Irska/Severního Irska. Reflektoval také částečně proslov britské premiérky Theresy May ze 22. září 2017 a vyjádřil naději, že v něm obsažené teze se stanou součástí vyjednávací pozice Spojeného království na čtvrté kolo jednání, které začíná bezprostředně po skončení Rady. Česká republika ocenila, že země EU 27 postupují jednotně, jelikož jednota je nezbytnou podmínkou dosažení dobrého výsledku, podpořila vyjednavače Barniera v jeho práci a  zdůraznila, že pokrok v jednání bude moci být konstatován pouze tehdy, bude-li jej dosaženo ve všech kapitolách. Státní tajemník Chmelař konstatoval, že „k brexitu dojde s velkou jistotou již za osmnáct měsíců, avšak reálný čas pro nastavení nových vztahů je omezen zhruba na příštích dvanáct měsíců a je tedy třeba hledat „vhodný kompromis pro EU27 i pro Spojené království co nejdříve“.