Chilský konzulát v Praze zahájil svou činnost 29. října 1921 a československý konzulát v Santiago de Chile začal pracovat 3. října 1925. Dne 19. července 1924 bylo uděleno agrément chilskému vyslanci se sídlem ve Vídni; chilský vyslanec se však nikdy v Praze neakreditoval. Jelikož není znám žádný jiný akt navázání diplomatických styků, považují obě strany za jejich počátek sdělení o udělení agrément. Československý zastupitelský úřad v Santiagu de Chile na úrovni vyslanectví zahájil činnost 10. listopadu 1931.

Po okupaci českých zemí nacistickým Německem 15. března 1939 byly diplomatické styky mezi ČSR a Chile přerušeny. K obnovení diplomatických styků s československou exilovou vládou v Londýně došlo dne 31. března 1943. Ze strany Chile byly diplomatické vztahy opětovně přerušeny 21. října 1947, a to až do roku 1965. Dne 15. ledna 1968 byly diplomatické vztahy povýšeny na úroveň velvyslanectví. Vojenský převrat v Chile 11. září 1973 byl pro československou stranu důvodem k novému přerušení diplomatických vztahů počínaje datem 25. září 1973.

Výsledek referenda v Chile v říjnu 1988, který znamenal odchod generála A. Pinocheta z funkce prezidenta republiky, a obnovení demokracie po vypsání všeobecných voleb v prosinci 1989, otevřely Chilské republice cestu k normalizaci diplomatických vztahů s mnoha zeměmi, mezi nimi rovněž s bývalým Československem. Dne 20. listopadu 1989 byly obnoveny konzulární styky mezi našimi zeměmi a 11. března 1990 byly vztahy plně normalizovány na úrovni velvyslanectví.

Dnem 1. ledna 1993 uznala chilská vláda Českou republiku jako samostatný subjekt mezinárodního práva a mezinárodních vztahů.