Ministři spravedlnosti se na podzimním zasedání Rady pro spravedlnost a vnitro zaměřili především na návrh směrnice o boji vedeném trestněprávní cestou proti podvodům poškozujícím finanční zájmy Unie (tzv. PIF směrnice) a na návrh nařízení o zřízení Úřadu evropského veřejného žalobce. Oproti dřívějším zasedáním došlo k výraznému posunu ohledně otázky zahrnutí podvodů v oblasti DPH do rozsahu působnosti směrnice PIF a Úřadu evropského veřejného žalobce. Ministři spravedlnosti potvrdili závěry, které vyplynuly již z diskuse ministrů financí na Radě ECOFIN dne 11.10.2016. Boji proti podvodům s DPH je v členských státech věnována velká pozornost, zvláště karuselové podvody mají významný přeshraniční přesah a představují značné škody na národních rozpočtech i rozpočtu Evropské unie. Většina členských států se již více méně přiklání k tomu, že by závažné přeshraniční podvody v oblasti DPH mohly za určitých podmínek spadat do působnosti směrnice a Úřadu evropského veřejného žalobce. Jak uvedl ministr Pelikán: „Je ovšem důležité pokrýt pouze skutečně ty nejzávažnější případy přeshraniční kriminality, které překračují určitou prahovou hodnotu. Za Českou republiku preferujeme co nejvyšší limit nejlépe ve výši 10 miliónů Euro.“ V obdobném duchu se vyjádřila i řada dalších států.  

Dále ministři diskutovali přetrvávající výhrady k textu nařízení o zřízení Úřadu evropského veřejného žalobce. Otevřenými otázkami zůstává především otázka soudního přezkumu národními soudy a Soudním dvorem EU, jakož i nastavení účinné spolupráce Úřadu s třetími státy a státy, které nebudou vázány nařízením. Opakovaně také zazněl naléhavý apel, aby zřízení Úřadu evropského veřejného žalobce nemělo za následek snižování rozpočtu Eurojustu. „Předpokládáme, že Eurojust bude poskytovat důležitou součinnost Úřadu evropského veřejného žalobce, nebylo by tedy v našem zájmu jej finančně a personálně oslabovat“, uvedl k tomu ministr Pelikán. Komisařka Jourová v této souvislosti zdůraznila, že to určitě není jejich cílem.

Obědová diskuse ministrů byla věnována tématu spolupráce prostřednictvím Eurojustu v oblasti boje proti terorismu. Ministr Pelikán při této příležitosti předložil ke zvážení návrh propojit národní evidence trestních stíhání s funkcí identifikace shody na principu anonymního potvrzení shody (tzv. hit/no hit mechanismus).