La coopération décentralisée entre les régions des deux pays se développe depuis la régionalisation de la République tchèque en 2000. Il existe actuellement 5 coopérations très actives entre les régions tchèques et françaises :

• Bohême Centrale et Bourgogne-Franche-Comté - accord signé en 2001 avec l'ancienne région Bourgogne,
• Moravie-Silésie et le Grand-Est - accord signé en 2001 avec l'ancienne région Lorraine,
• la région de Pardubice et le Centre-Val-de-Loire - accord signé en 2003 avec l'ancienne région Centre,
• la région de Vysočina et le Grand-Est - accord en signé en 2006 avec l'ancienne région Champagne-Ardenne,
• la région de Pilsen et Bourgogne-Franche-Comté - accord signé en 2007 avec l'ancienne région Franche-Comté, la coopération a été achevée en 2018.
• la région de Moravie du Sud et le département du Gers - accord signé en 2007.                  

De nombreuses coopérations existent entre les villes tchèques et françaises: liste des villes jumelées.

Pour toute question concernant la coopération bilatérale, veuillez vous adresser au Service économique et commercial de l'Ambassade de la République tchèque à Paris au paris.commerce@mzv.cz.