Diplomatické styky bývalého Československa s Ugandskou republikou na úrovni velvyslanců byly navázány 11. 10. 1962, ke dni prohlášení nezávislosti Ugandy (oslav vyhlášení nezávislosti země se účastnil místopředseda Národního shromáždění Jozef Valo - ČSSR tehdy těžila z dřívějších kontaktů s vůdcem Ugandského lidového kongresu Miltonem Obotem a podpory, kterou jeho straně poskytovala ještě před vyhlášením nezávislosti).

26.10.1963 se v Ugandě akreditoval Chargé d´affaires ČSSR v Dáresalámu František Vomáčka. Rezidentní úřad Velvyslanectví ČSSR byl v Kampale otevřen ke dni 23. 2. 1965. V druhé polovině 70. let, v důsledku nevypočitatelného chování diktátora Idy Amina, intenzita vzájemných vztahů klesala, až nakonec byla činnost ZÚ ČSSR v Ugandě kvůli probíhající občanské válce v roce 1980 zcela ukončena.

Nótou MZV ze dne 14. 4. 1993 uznala Ugandská republika Českou republiku se zpětnou platností od 1.1.1993, spolu s navázáním diplomatických styků.

Diplomatickou působnost pro ČR má nyní Velvyslanectví Ugandy v Berlíně, cca od r. 1995 však žádný velvyslanec nebyl v ČR akreditován.

Od roku 1989 se uskutečnily následující stykové akce:

1991    předseda vlády Cosmas Adyebo (absolvent VŠE Praha – zemřel 1999) navštívil několikrát soukromně ČR

1997    návštěva zástupce náčelníka generálního štábu ugandských ozbrojených sil gen. Besigye;

1997    návštěva náměstkyně ministra zahraničních věcí Heleny Bambasové;

2004    účast ugandského ministra vodních zdrojů, půdy a životního prostředí Kahindy Otafiire na mezinárodní konferenci v Praze;

2005    ministr životního prostředí ČR Libor Ambrozek se zúčastnil 9. zasedání konference Ramsarské úmluvy;

2013    návštěva náměstka ministra zahraničních věcí T. Duba se sedmičlennou podnikatelskou delegací.

2013   návštěva ministra zahraničních věcí J. Kohouta v doprovodu početné podnikatelské mise.