Vztahy mezi Československem a státy vzniklými z belgického svěřeneckého území Ruanda-Urundi byly minimální. Republiku Rwanda a Království Burundi, které získaly nezávislost 1. 7. 1962, charakterizovala od počátku jejich existence hospodářská zaostalost a politická a etnická nestabilita.

Diplomatické vztahy s Burundi byly navázány 11. 3. 1963. Československé MZV chtělo v Usumbuře nejdříve akreditovat velvyslance v Kongu, což znemožnila chaotická situace v této zemi. V Burundi se proto akreditoval 18. 4. 1967 velvyslanec v Tanzanii. Další kontakty však byly sporadické a zůstaly pouze na úrovni ZÚ.

V 60. letech se čs.-burundská spolupráce soustředila na oblast kulturních a školských styků. Československo poskytovalo pravidelně Burundi vládní stipendia ke studiu na vysokých školách a v Burundi působili čs. lékařští experti. V 70. letech došlo k útlumu vzájemné spolupráce s ohledem na vnitropolitický vývoj v Burundi (nový vojenský převrat, pronásledování a masakry příslušníků etnika Hutu).

K oživení spolupráce došlo až v polovině 80. let. Ta se v dalších letech omezovala na obchodní výměnu, která je však s ohledem na dramatický vnitropolitický vývoj v Burundi od r. 1993 zanedbatelná.

Diplomatické styky mezi ČR a Burundi  byly navázány 15. 3. 1995 se zpětnou účinností od 1. 1. 1993. K oživování kontaktů na úrovni velvyslanectví i v oblasti obchodu dochází nicméně až postupně po roce 2000.

Burundi pokrývá ČR ze svého velvyslanectví v Berlíně