O stálé misi
Stálá mise České republiky při OSN, OBSE a ostatních mezinárodních organizacích zastupuje zájmy ČR během jednání v těchto institucích. Zasazuje se o prosazování priorit zahraniční politiky České republiky a prosazuje dodržování závazků, které vyplývají ze zakládajících dokumentů jednotlivých organizací. V případě OSN se jedná o Chartu Organizace spojených národů přijatou v roce 1945. Zakládajícím dokumentem OBSE je Helsinský závěrečný akt přijatý v roce 1975. Česká republika se také jakožto člen Evropské unie zasazuje o formulaci společného stanoviska EU a jednotné vystupování zemí EU v těchto organizacích.
OSN
Jedna část činnosti mise se soustředí na práci OSN a jejích podpůrných institucí, mezi které náleží Úřad pro kosmické záležitosti OSN, Komise OSN pro mezinárodní obchodní právo, Komise OSN pro prevenci kriminality a trestní spravedlnost a Organizace OSN pro průmyslový rozvoj. Úřadovna OSN ve Vídni sídlí ve Vídeňském mezinárodním centru (VIC) na severu Vídně.
OBSE
Druhá hlavní část činnosti mise se týká práce v rámci OBSE, která sídlí ve vídeňském paláci Hofburg. Organizace pro bezpečnost a spolupráci v Evropě vznikla jako výsledek tzv. Helsinského procesu, který v 70. letech 20. století vedl k dohodě o spolupráci mezi znepřátelenými bloky Západem a Východem. Členy OBSE je 57 států z Evropy, Severní Ameriky a Střední Asie a činnost organizace se dělí na 3 dimenze: politicko-vojenskou, ekonomicko-environmentální a lidskoprávní. OBSE je největší regionální bezpečnostní organizace na světě a je fórem pro politická jednání a rozhodovací procesy v oblasti mechanizmů včasného varování, prevence konfliktů, krizového managementu a postkonfliktní rekonstrukce. Politická vůle 57 členských států OBSE se promítá do činnosti institucí a misí OBSE.
Ostatní mezinárodní organizace
Třetí část práce Stálé mise ČR se týká dalších mezinárodních organizací, které ve Vídni působí. Jedná se o např. o Mezinárodní agenturu pro atomovou energii, Mezinárodní středisko pro rozvoj migrační politiky, režimy kontroly exportu (například tzv. Zanggerův výbor) a také Přípravnou komisi Organizace Smlouvy pro všeobecný zákaz jaderných zkoušek.
Stálá mise ČR ve Vídni se nezabývá diplomatickými vztahy ČR s Rakouskem a ani vízovými či konzulárními otázkami. Tato agenda patří mezi úkoly Velvyslanectví ČR ve Vídni.