Prakticky na celém území Kolumbie působí nelegální ozbrojené skupiny a zločinecké organizace zapojené do obchodu s drogami, nelegální těžby, únosů a vydírání. Zejména ve velkých městech (Bogota, Medellín, Cali, Buenaventura, Cartagena, Barranquilla, Santa Marta) je přítomna vysoká míra pouliční kriminality, často s použitím střelné nebo bodné zbraně. Doporučuje se omezit pohyb v nočních hodinách, nenosit s sebou cennosti, velké částky v hotovosti ani originály cestovních dokladů a na ulici nepoužívat viditelně mobilní telefon. K násilí dochází i během relativně častých pouličních protestů, Ministerstvo zahraničních věcí proto doporučuje vyhýbat se demonstracím a během celého pobytu v Kolumbii dbát zvýšené opatrnosti. V žádném případě se nedoporučuje využívání jiné než dopředu objednané taxislužby.

Guerilové ozbrojené skupiny rovněž podnikají teroristické útoky. Svými činy obvykle cílí na příslušníky kolumbijských ozbrojených složek, nikoli na turisty a cizince obecně, může k nim ale dojít v centrech měst. I z tohoto důvodu je proto namístě trvalá zvýšená obezřetnost.

Na vzestupu je zejména ve velkých městech použití drogy skopolamin (escopolamina), v jejímž důsledku oběť plní úkoly útočníka, kdy např. vybere peníze z bankomatu či odevzdá cennosti, přičemž následně trpí ztrátou paměti. Zaznamenány byly i případy úmrtí po podání příliš vysoké dávky této drogy. Skopolamin může být přimíchán do jídla nebo pití, ale také aplikován prostřednictvím aerosolu nebo přímo na kůži. Jako záminka pro získání příležitosti aplikovat drogu bývají zinscenovány drobné dopravní nehody. Ministerstvo zahraničních věcí proto důrazně doporučuje nenechávat jídla a nápoje bez dozoru a mít se na pozoru v případě, že se přiblíží neznámý člověk. V případě dopravní nehody, jejíž okolnosti působí podezřele, není radno vůbec vystupovat z vozu ani otvírat okénko.

Mezi nejrizikovější oblasti kolumbijského území dlouhodobě patří hranice s Venezuelou (zejména oblast Catatumbo v departmentu Norte de Santander a department Arauca a příhraniční zóny departmentů La Guajira, Cesar, Vichada a Guainía), hranice s Ekvádorem (departmenty Nariño a Putumayo), pacifické pobřeží (departmenty Chocó, Valle del Cauca, Cauca a Nariño) a odlehlé oblasti departmentů Bolívar, Guaviare, Meta a Caquetá. Na uvedených územích Ministerstvo zahraničních věcí doporučuje cestovat výhradně s certifikovaným průvodcem a pouze do turistických destinací, mimo ně jen ve zcela nezbytných případech.

Kolumbie se rovněž nachází v seismicky aktivní oblasti, může tedy prakticky kdykoli dojít k zemětřesení nebo erupci jedné z 25 aktivních sopek v zemi. V případě takové události je nutné řídit se pokyny místních úřadů a počítat s omezeními pozemní i letecké dopravy.

Ministerstvo zahraničních věcí doporučuje všem cestovatelům zaregistrovat se před cestou v databázi DROZD a uzavřít cestovní pojištění s dostatečným pojistným krytím.

V případě akutního ohrožení zdraví či života českých občanů je během pobytu v Kolumbii možné kontaktovat nouzovou linku Velvyslanectví České republiky v Bogotě na telefonním čísle +57 320 367 3296.