Vstupem ČR do EU začala pokrývat řadu oblastí Asociační dohoda mezi členskými státy Evropské unie a Státem Izrael

Dále zůstávají v platnosti tyto bilaterální dohody:

Letecká dohoda (Jeruzalém, 24.4.1991)
Dohoda o spolupráci v oblasti kultury, školství a vědy (Praha, 29.4.1991)
Dohoda o sukcesi do dvoustranných smluv sjednaná výměnou nót (Praha, 23.8.1993)
Dohoda o zamezení dvojímu zdanění a zabránění daňovému úniku v oboru daní z příjmu (Jeruzalém, 12.12.1993)
Dohoda o spolupráci mezi Hospodářskou komorou ČR a Federací izraelských obchodních komor (Jeruzalém, 6. 6. 1994)
Dohoda o spolupráci v oblastech zdravotnictví a lékařské vědy (Jeruzalém, 20.9.1995)
Dohoda o spolupráci v oblasti zemědělství (Praha, 12.1.1996)
Dohoda o zrušení vízové povinnosti pro držitele služebních a diplomatických pasů (Jeruzalém, 7.8.1995)
Dohoda o všeobecném bezvízovém styku (Jeruzalém, 20.4.1996)
Dohoda mezi vládou České republiky a Státem Izrael o vzájemné pomoci v celních otázkách (Jeruzalém, 2.9.1997)
Dohoda o vzájemné ochraně a podpoře investicí (Jeruzalém, 23.9.1997)
Prováděcí protokol ke Kulturní dohodě na léta 2003, 2004 a 2005 (Praha, 11. 2. 2003)
Smlouva mezi Českou republikou a Státem Izrael o sociálním zabezpečení (Jeruzalém, 30. 10. 2003)

Prováděcí protokol ke Kulturní dohodě na léta 2006, 2007 a 2008 (Jeruzalém, 24. 1. 2006)