Jedná se o automatizovaný informační systém pro registraci st. příslušníků třetích zemí, kteří překračují vnější hranici a krátkodobě pobývají na území států uplatňujících EES (ČS EU mimo CY a IE), a dále IS, CH, LI, NO. 
Hlavním účelem EES, který se zařadí mezi velké unijní IT systémy v rámci tzv. interoperability, bude postupné nahrazení dosavadního systému manuálního razítkování cestovních dokladů, zkvalitnění hraničních kontrol formou jejich digitalizace a zrychlení postupů při překračování vnějších hranic. Při každém překročení vnějších hranic bude EES registrovat osobní údaje z datové stránky cestovního dokladu, biometrické údaje (otisky prstů a snímek obličeje) a dále datum a místo vstupu a výstupu, případně odepření vstupu. Systém se uplatňuje jak na vízové tak bezvízové cizince (viz blíže Nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) 2017/2026).
EES bude oproti původním předpokladům zaváděn postupně během šestiměsíčního období, k plné implementaci EES tedy dojde od 10.4.2026. Po tuto dobu bude vstup a výstup cizinců zaznamenáván jak elektronicky, tak formou razítka v cestovním dokladu. ČR se do EES zapojí v plné míře od 12.10.2025.
Při prvním překročení vnější hranice zemí uplatňujících EES budou st. příslušníkovi třetí země odebrány biometrické údaje a bude požádán o vyplnění krátkého dotazníku ohledně účelu a podmínek cesty (cca 5 otázek). Tyto informace lze do systému předregistrovat po příletu prostřednictvím tzv. kiosků, instalovaných na mezinárodních letištích či na vnějších hraničních přechodech. Další možností bude využití mobilní aplikace, která bude zaváděna také postupně (pozn.: V případě ČR se využití mobilní aplikace plánuje výhledově na 1Q 2026). Následně cestující projde hraniční kontrolou u přepážky, kde budou data ověřena a potvrzena v systému, případně – pokud proces předregistrace v kiosku neproběhne nebo neproběhne správně – doplněna ze strany cizinecké policie. Předregistrace bude možná pouze pro držitele biometrických pasů.
EES se nebude týkat občanů zemí, které EES uplatňují, občanů Irska, Kypru, Andorry, Monaka, San Marina a držitelů pasů vydaných Vatikánem a Svatým stolcem, držitelů pobytových povolení a dlouhodobých víz vydaných státy uplatňujícími EES, tzn. Také akreditovaných diplomatických a administrativních pracovníků zastupitelských úřadů.  

Další informace k fungování EES naleznete na webové stránce Evropské unie.