Velké nesnáze mohou způsobit cestovatelům zdravotní problémy. V Japonsku je nutné počítat s vysokými náklady na zdravotní péči i za drobná ošetření. Proto se doporučuje uzavřít před cestou do země kvalitní cestovní pojištění, pokrývající také náklady na repatriaci. Je nutné rovněž počítat s tím, že většina lékařů hovoří pouze japonsky. Úroveň zdravotnických služeb většinou odpovídá běžnému standardu zemí EU.

V poslední době narůstá počet případů, kdy japonská zdravotnická zařízení odmítají přijmout a poskytnout zdravotní péči českým občankám v pokročilém stádiu těhotenství, u kterých se objeví komplikace. Doporučujeme proto v této situaci vyšší míru opatrnosti.

Telefonní čísla pro tísňová volání:
- POLICIE - tel.: 110
- HASIČI/ZÁCHRANNÁ SLUŽBA - tel.: 119
- POBŘEŽNÍ HLÍDKA- tel.: 118

V případě potřeby je možné použít další níže uvedená telefonní čísla:

JAPAN HELPLINE
- tel.: 0120 46 1997 (bezplatná linka), 0570 000 911
- Služba poskytuje rady v naléhavých situacích v anglickém jazyce 24 hodin.
- http://www.jhelp.com/en/jhlp.html

AMDA /International Medical Information Center/
- tel.: 03/5285 8088 /Tokio/, 050/3598 7574 /Osaka/
- Služba poskytuje bezplatné konzultace ohledně zdravotní péče v anglickém jazyce.
- https://www.amdamedicalcenter.com/activities

FOREIGN RESIDENTS' ADVISORY CENTER TOKYO
- tel.: 03/5320 7744
- Konzultační služba tokijského metropolitního úřadu; poskytuje pomoc např. při dopravní nehodě v anglickém jazyce.
- https://www.metro.tokyo.lg.jp/english/guide/guide01.html

JAPAN NATIONAL TOURISM ORGANIZATION
- tel.: 03/3201 3331
- Služba poskytuje turistické informace v anglickém jazyce.
- http://www.jnto.go.jp/eng/