PhDr. Jakub Karfík se narodil 23. července 1959 v Praze. V roce 1985 absolvoval studium arabštiny a klínopisu na Filosofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze. V roce 1988 získal titul PhDr.

Po ukončení studia působil jako kurátor (a od roku 1989 jako vedoucí oddělení) v Náprstkově muzeu asijských, afrických a amerických kultur. Od roku 1994 do roku 1995 pracoval jako ředitel sbírky Orientálního umění Národní galerie v Praze.  

V roce 1995 J. Karfík nastoupil na Ministerstvo zahraničních věcí ČR a v letech 1995-1999 zastával post velvyslance ČR v Pákistánu.

V letech 1999-2000  působil ve funkci vrchního ředitele sekce Ameriky, Asie a Afriky Ministerstva zahraničních věcí ČR a v letech 2000-2002 ve funkci vrchního ředitele sekce bilaterálních vztahů.

V letech 2002-2006 zastával post velvyslance ČR v Egyptě a Súdánu.

V letech 2006-2009 pracoval na pozici vrchního ředitele sekce mimoevropských zemí a rozvojové spolupráce na Ministerstvu zahraničních věcí ČR.

V letech 2009-2013 působil jako velvyslanec ČR na Slovensku.

V letech 2013 - 2018 zastával post velvyslance ČR v Polsku.

V roce 2018 se stal ředitelem Odboru států severní a východní Evropy Ministerstva zahraničních věcí ČR.

J. Karfík je ženatý a má dvě děti.