V roce 1990 dalo Ministerstvo zahraničních věcí Sovětského svazu v Moskvě souhlas k tomu, aby obchodní zastoupení československého velvyslanectví v Moskvě otevřelo další dvě svá zastoupení: v Baku pro 3 kavkazské republiky a v Taškentu pro 5 republik Střední Asie. Obě pobočky měly přiznaný status diplomatického zastoupení. Vedoucím úřadu v Baku byl jmenován Ing. Zavázal, v Taškentu sloužil Ing. Antonín Halaxa.

Pobočka v Taškentu byla vůbec prvním zahraničním zastoupením v tehdy ještě Uzbecké sovětské socialistické republice a současně i prvním českým úřadem pro všech 5 středoasijských republik. Byla otevřena a akreditována ve 2. polovině roku 1990 a řízena velvyslanectvím v Moskvě. V rámci pobočky byli postupně akreditováni zástupci podniků ZŤS Detva, Motokov, Centrotex, Elitex, postupně přicházeli představitelé dalších podniků (Sigma, Barum, ČKD, Marc CZ, TICO-Car atd). Pobočka sídlila na tehdejší ulici Lenina, dnes Šarafa Rašidova, naproti kavárny Golubye kupola. Později se přemístila na ulici Navoi, zhruba proti stadionu.

V r. 1991 předával v Uzbekistánu své pověřovací listiny za ČSSR velvyslanec v Moskvě pan Slánský, který byl akreditován ještě v Kazachstánu, Kyrgyzstánu a Turkmenistánu. Ve stejných zemích předával pověřovací listiny ještě v r. 1993, tehdy už za Českou republiku. V Tádžikistánu se o akreditaci vedlo jednání, bylo však přerušeno známými vnitropolitickými událostmi.

První mezivládní smlouva s Uzbekistánem (o obchodně ekonomické a vědecko-technické spolupráci) byla podepsána v r. 1993 ministrem průmyslu a obchodu Vladimírem Dlouhým. Jeho návštěva byla první oficiální návštěvou člena české vlády, byl přijat uzbeckým prezidentem Islamem Karimovem.

V tomtéž roce byl založen i první společný česko-uzbecký podnik AVTAŠ s uzbeckou organizací Tašstrojtrans a Avia Praha na montáž automobilů AVIA A 30 v různých modifikacích (za dobu jeho existence bylo vyrobeno nebo dodáno přes 900 automobilů).

V roce 1994 byla pobočka rozšířena o konzulární oddělení, vedené 1.velvyslaneckou tajemnicí paní Ing. Alicí Sobotkovou. V roce 1995 byl jmenován vedoucím pobočky pan Ing. Miloslav Cipra v hodnosti rada, po něm v roce 1997 nastoupil první velvyslanec JUDr. Bedřich Kopecký. České zastoupení v Taškentu tak bylo ustaveno jako řádné velvyslanectví.

V té době Českou republiku v ustavení velvyslanectví již předběhla řada států. První otevřelo své velvyslanectví Turecko, krátce po vyhlášení uzbecké samostatnosti. To také jako první stát uznalo uzbeckou svrchovanost ještě na podzim 1991

Postupně měl být český úřad v Taškentu určen i pro Tádžikistán, až to jeho vnitropolitická situace dovolí. Prvním velvyslancem akreditovaným vedle Uzbekistánu i v Tádžikistánu byl Ing. Jaroslav Ludva, který v Taškentu vystřídal Bedřicha Kopeckého.

Zhruba ve stejné době bylo ustaveno i velvyslanectví ČR v Almaty, nejen pro Kazachstán, ale současně i pro Kyrgyzstán.

Turkmenistán byl dále obsluhován z Moskvy. V době, kdy v Taškentu působil velvyslanec Ing. Jaroslav Ludva, byl zakoupen nový objekt a zcela zrekonstruován do dnešní podoby.

V areálu úřadu byl postaven i bytový dům se třemi bytovými jednotkami.

Dalším velvyslancem v Taškentu byl Ing. Aleš Fojtík, který byl také akreditován jak pro Uzbekistán tak pro Tádžikistán. Po jeho odjezdu úřad vedl Václav Slabý a později JUDr. Dana Denková.

Akreditaci pro Turkmenistán získal v roce 2010 až jeho nástupce Ing. Robert Kopecký, který v Taškentu působil od prosince 2008 do 27. října 2011.

Od té doby byl řízením úřadu pověřen jeho dosavadní zástupce Mgr. Roman Masařík.

Dne 5. září 2012 do Taškentu přicestoval nový velvyslanec Mgr. Hynek Pejcha, který řídil úřad do 31. srpna 2016. Byl akreditován v Uzbekistánu, Tádžikistánu a Turkmenistánu.