Tšehhoslovakkia sõlmis Eesti Vabariigiga vastastikused suhted varsti pärast oma riigi loomist. Tšehhoslovakkia tunnustas Eestit de jure 29. detsembril 1921 ja samal aastal alustas Tallinnas tegevust ka Tšehhoslovakkia konsulaat. 1924. aastal nimetati Josef Beck Eesti esimeseks aukonsuliks Prahas ja kolm aastat hiljem, 1927. aastal, nimetasid mõlemad riigid ametisse oma esimesed suursaadikud – Tšehhoslovakkia Václav Girsa ja Eesti Otto Strandmani (mõlemad resideerisid Varssavis). 1928. aastal muudeti Tallinna konsulaat saatkonnaks ning 1929. aastal jõustus kahe riigi vahel viisavabadus. Suhted arenesid edasi kuni 1939. aastani, mil need katkesid Tšehhoslovakkia okupeerimise ja sellele järgnenud Eesti annekteerimisega Nõukogude Liidu poolt Molotovi-Ribbentropi pakti alusel.

Pärast kommunistlike režiimide kukkumist ja Eesti taasiseseisvumist taastati diplomaatilised suhted ametlikult 9. septembril 1991. 1994. aastal esitas iseseisvunud Tšehhi Vabariigi esimene suursaadik Dana Huňátová oma volikirja president Lennart Merile ja aasta hiljem andis Prahas oma volikirja üle Eesti suursaadik Toivo Tasa. Oluliseks verstapostiks kahepoolsetes suhetes oli saatkondade avamine Tallinnas (2000, uues asukohas 2004) ja Prahas (1998, uues asukohas 2022). Mõlema riigi ühinemine Euroopa Liiduga 2004. aastal ja Schengeni viisaruumiga 2007. aastal süvendas koostööd veelgi. Täna teevad Tšehhi ja Eesti, liitlased NATOs, tihedat koostööd julgeoleku-, poliitika-, majandus- ja kultuurivaldkonnas – muu hulgas Tšehhi relvajõudude osalemise kaudu NATO Balti õhuturbemissioonil – ning jätkavad sõprus- ja partnerlussuhete arendamist.

Presidentide visiidid

• 23.–25. mai 2006 – Tšehhi Vabariigi presidendi Václav Klausi riigivisiit Eestisse
• 20. oktoober 2015 – Eesti presidendi Toomas Hendrik Ilvese visiit Tšehhi Vabariiki Aspeni Instituudi auhinna vastuvõtmise puhul
• Mai 2022 – President Kersti Kaljulaid osales NATO strateegiaseminaril Prahas

Peaministrite visiidid

• 17.–18. veebruar 2020 – Tšehhi peaministri Andrej Babiši töövisiit Eestisse
• 5. november 2019 – Eesti peaministri Jüri Ratase osalemine Ühtekuuluvuse Sõprade tippkohtumisel Prahas
• 22.–23. november 2018 – Peaminister Jüri Ratase ametlik visiit Tšehhi Vabariiki
• 23. mai 2017 – Peaminister Jüri Ratase visiit Tšehhi Vabariiki

Välisministrite visiidid

• Juuni 2025 – Välisminister Margus Tsahkna osales GLOBSEC foorumil Prahas ja kohtus oma Tšehhi kolleegi Jan Lipavskýga
• Mai 2024 – Välisminister Margus Tsahkna osales NATO välisministrite mitteametlikul kohtumisel Prahas
• 2. aprill 2024 – Välisminister Margus Tsahkna külastas Prahat
• 14. mai 2022 – Välisminister Jan Lipavský osales Lennart Meri konverentsil
• Oktoober 2021 – Välisminister Jakub Kulhánek osales Bukarest 9 (B9) kohtumisel Tallinnas
• 3.–4. september 2021 – Välisminister Jakub Kulháneki töövisiit Eestisse, kohtumised president Kersti Kaljulaidi ja välisminister Eva-Maria Liimetsaga

Parlamendi esimeeste visiidid

• 31. august 2024 – Riigikogu esimees Lauri Hussar osales julgeolekukonverentsil GLOBSEC Prahas ja kohtus Tšehhi saadikutekoja spiikri Markéta Pekarová Adamovága
• 16.–17. mai 2024 – Tšehhi saadikutekoja spiiker Markéta Pekarová Adamová osales Lennart Meri konverentsil Eestis
• Märts 2022 – Riigikogu esimehe Jüri Ratase visiit Prahasse koos Läti ja Leedu parlamendi spiikritega
• 30. oktoober–1. november 2021 – Tšehhi Senati esimehe Miloš Vystrčili töövisiit Eestisse