Generální konzulát ČR působí v Sankt Peterburgu od roku 1974. V jeho konzulárním obvodu se nachází tyto subjekty Ruské federace - město Sankt Peterburg, Republika Karélie (Petrozavodsk), Archangelská oblast (Archangelsk), Leningradská oblast (sídlo vlády v Sankt Peterburgu), Murmanská oblast (Murmansk), Novgorodská oblast (Velikij Novgorod), Pskovská oblast (Pskov), Republika Komi (Syvtyvkar), Vologodská oblast (Vologda), Kaliningradská oblast (Kaliningrad) a Něněcký autonomní okruh.

Těžiště činnosti GK spočívá v zajišťování vízové a konzulární agendy. GK rovněž přispívá k podpoře a rozvoji obchodní a ekonomické spolupráce mezi Českou republikou a jednotlivými subjekty Ruské federace. Vytváří též předpklady pro rozvoj kulturních, školských a vědeckých styků.

V rámci generálního konzulátu působí představitel státní agentury pro podporu obchodu Czechtrade, která byla zřízena při Ministerstvu průmyslu a obchodu ČR. Stálou obchodní činností se v Sankt Peterburgu zabývá zhruba dvacet českých, resp. česko-ruských hospodářských subjektů (spotřební zboží - sklo, porcelán, lustry, bižuterie, nábytek, průmyslové prádelny, balicí fólie a potravinářské obaly, stavebnictví, zpracování dřeva, dodávky strojírenské techniky, atd.). Je zde zastoupení ČSA.

V říjnu 2001 byla na základě doporučení Mezivládní česko-ruské komise založena Společná pracovní skupina pro obchodně-ekonomickou, vědeckotechnickou a humanitární spolupráci mezi Ministerstvem průmyslu a obchodu ČR a subjekty RF - městem federálního významu Sankt Peterburgem a Leningradskou oblastí. Její činnost se zaměřuje především na vyhledávání nových projektů, přínosných pro ekonomickou spolupráci obou zemí.

V říjnu 1991 byla podepsána Deklarace přátelských vztahů mezi magistrátem hl. m. Prahy a radnicí Sankt Peterburgu.Na jejím základě se mezi oběma městy uskutečňuje mimo jiné pravidelná kulturní výměna.

V srpnu 2003 byla podepsána Deklarace o regionální spolupráci mezi Leningradskou oblastí Ruské federace a Jihomoravským krajem České republiky, na jejímž základě se uskutečňují pravidelná setkání představitelů obou regionů a rozvíjejí se kontakty v ekonomické a kulturní oblasti. Výrazem toho bylo i hostování brněnského divadla Husa na provázku v Sankt Peterburgu v červnu 2011 a peterburského Divadla na Vasiljevském v Brně v březnu 2012.

Důležitou součástí rozvoje vzájemných vztahů je činnost Společnosti bratří Čapků. Společnost byla založena v lednu 1995 z iniciativy Velvyslanectví ČR v Moskvě, GK ČR v Sankt Peterburgu a skupiny petrohradských bohemistů. Má zhruba 80 členů, zabývajících se nejen studiem a propagací díla bří Čapků, ale i šířením české kultury celkově. V říjnu 2001 byl předsedou Společnosti zvolen novinář S. Andrejev. Jejímu čestnému předsedovi, bohemistovi O. Malevičovi byla v roce 2011 udělena cena ministra zahraničních věcí Gratias Agit za šíření dobrého jména ČR v zahraničí. Touto cenou byli v červnu 2003 rovněž poctěni manželé I. Ivanov-Inov (in memoriam) a I. Poročkinová.