K neexistenci efektivních diplomatických zastoupení se přidával i mnohaletý problém odkládání akreditace salvadorského velvyslance v ČR, který komplikoval vzájemné kontakty. V březnu 1999 své pověřovací listiny nicméně předal velvyslanec Salvadoru se sídlem v Bonnu a diplomatické kontakty tak dostaly obvyklý rámec. Velvyslanec ČR je pro Salvador akreditován z Mexika. Zájmy ČR přímo v San Salvadoru pak hájí honorární konzul.

Na oficiální úrovni se zatím neuskutečnila žádná významnější návštěva na vyšší úrovni, s výjimkou cesty salvadorského ministra zahraničí M.A. Salaveríi do ČR v roce 1994. Setkal se s náměstkem MZV P. Bratinkou a náměstkem MPO M. Somolem. V tomto případě se však jednalo o soukromou návštěvu, v jejímž rámci se realizovala některá jednání.

Další cestou byla návštěva zástupce MPaO, vedoucího informační kanceláře ČR, u příležitosti účasti ČR na XVI ročníku mezinárodního veletrhu v Salvadoru v listopadu 1994. Během této návštěvy se setkal s náměstkem ministra zahraničních věcí Victorem Lagosem a ministrem ekonomie Zablah Touchém.

V únoru 1996 navštívil Salvador náměstek ministra zahraničních věcí ČR P. Bratinka. Setkal s s prezidentem Armando Calderónem Solem a ministrem zahraničních věcí Ramónem Gonzálesem.

V roce 1996 navštívil ČR pověřenec salvadorského prezidenta pro modernizaci státu Alfredo Mena.

V roce 1996 se ČR zúčastnila XVII ročníku mezinárodního veletrhu v Salvadoru. Expozici doprovázeli zástupci MPaO.

Ve listopadu 1999 vykonal oficiální návštěvu Salvadoru ministr zahraničních věcí J. Kavan. Byla podepsána dohoda o podpoře a vzájemné ochraně investic.

V říjnu 2000 se uskutečnila návštěva delegace zástupců MPaO v rámci účasti ČR na XIX ročníku mezinárodního veletrhu v Salvadoru.

V listopadu 2004 navštívila Salvador delegace MZV ČR v čele s vrchní ředitelkou teritoriální sekce II (Asie, Afrika, Latinská Amerika) Helenou Bambasovou.