Současné označení získal podle ministra zahraničních věcí Jana Masaryka. Prvním ministrem, který služební byt využíval, byl Kamil Krofta. Během druhé světové války sloužil Černínský palác jako sídlo Úřadu říšského protektora. V roce 1945 se po návratu z exilu stal uživatelem bytu Jan Masaryk, který v něm po komunistickém převratu, v noci z 10. na 11. března 1948 tragicky zahynul. Po Masarykově smrti byl služební ministerský byt zrušen a adaptován na kanceláře. Po sametové revoluci roku 1989 byl Masarykův byt rekonstruován pro reprezentační účely.

Koupelna ve stylu art deco je jedinou místností Masarykova bytu, která se do dnešní doby dochovala celá v původní podobě. Její zařízení je dodnes funkční. Součástí vybavení je jeden z prvních typů masážní sprchy, která ještě měla napevno zabudované trysky neumožňující regulaci směru proudění vody. Nad vanou je zabudován zvonek na služebnictvo.

Koupelna byla dějištěm tragické smrti Jana Masaryka, který zahynul po pádu z okna, s největší pravděpodobností za asistence komunistické státní bezpečnosti.