Nádvoří získalo své jméno podle ministra zahraničí Jana Masaryka, který zahynul na jeho dláždění po pádu z okna služebního bytu 10. března 1948. Tragickou smrt Jana Masaryka dva týdny po komunistickém puči, kdy komunisté násilím přebrali moc ve státě, obestírá dodnes řada nevysvětlených otázek.