Ministerstvo zahraničních věcí doporučuje cestovatelům, aby využili systém Dobrovolné registrace občanů ČR při cestách do zahraničí (DROZD), zejména v případě, že se chtějí po Indonésii pohybovat mezi regiony a navštívit i oblasti mimo hlavní turistické destinace.

Při pobytu v Indonésii si musí turisté řádně hlídat své osobní věci (hlavně peníze, pasy, letenky). Už před cestou je vhodné si pořídit fotokopii datové stránky pasu; v případě jeho ztráty se tak urychluje a zjednodušuje vyhotovení náhradního cestovního dokladu, potřebného pro návrat do ČR.

Zvýšenou pozornost je třeba věnovat otázce pouliční kriminality, zejména kapesním krádežím. V minulosti byly zaznamenány případy podvodného využití kreditních karet po zkopírování údajů při platbě v obchodě. Na bezpečnost je třeba dbát i při využití bankomatů; metody podvodníků jsou obdobné jako v Česku: přídavné zařízení pro čtení informací z karty, falešné číslo asistenční služby atd.

Pro jízdu taxíkem je vhodné využívat jen vozidla renomovaných firem (nejrozšířenější jsou vozy společnosti Bluebird), nejlépe přistavená přes telefonní objednávku nebo na označených stanovištích u větších hotelů a nákupních středisek. Auto by mělo být vždy vybaveno taxametrem a řidič by ho měl používat.

Ministerstvo zahraničních věcí České republiky doporučuje všem cestovatelům dbát zvýšené opatrnosti při cestování po Indonésii (zejména na turisticky velmi populárním ostrově Bali) na motorce, a to s ohledem na dopravní situaci, která je ve srovnání s evropskými měřítky mnohdy nepřehledná a komplikovaná. Rovněž se v této souvislosti apeluje na důsledné nošení helmy při všech cestách na motorce. Důležité je také důkladně se seznámit s aktuálním stavem motorky před jejím používáním, zejména s funkčností brzd.

Indonésie se nachází na okrajích lomu tří tektonických desek (Pacifické, Euroasijské a Australské), díky čemuž je na jejím území přibližně 150 aktivních sopek a dochází zde k častým zemětřesením. V některých oblastech, zejména u severozápadní Sumatry, bývá zemětřesení doprovázeno i rizikem vzniku vln tsunami. Vysoké vlny a rozbouřené moře bývají poměrně obvyklým jevem během roku v některých částech Indonésie.

Cestovatelé by měli dbát na osobní bezpečnost a dobře se informovat o aktuální situaci v té časti země, do níž cestují; platí to zejména o cestování do vzdálených a odlehlých oblastí, v nichž se vyplatí doprovod spolehlivého místního průvodce. V případě vzniku nebezpečí by měli kontaktovat Velvyslanectví ČR v Jakartě nebo honorární konzulát na Bali, v Surabayi či Makassaru a zpravidla se řídit doporučeními místních úřadů.

Indonésie je převážně muslimská země a islám má tradičně na většině jejího území umírněnou a tolerantní podobu, i když v posledních letech je zřetelný trend jeho výraznějšího prosazování ve veřejné sféře. Ve většině turistických oblastí se turistky nemusí oblékat podle specifických pravidel. Jedinou provincií, kde se významně uplatňuje islámské právo a jeho dodržování vynucuje místní policie, je provincie Aceh na severní Sumatře. Ženy se obzvláště při cestách do Acehu nebo jiných oblastí mimo hlavní turistická centra (např. na ostrovech Malé Sundy) budou lépe cítit ve volném zakrývajícím oblečení. Přísný pohled okolí je dobré mít na paměti i při koupání v moři.
Indonésie patří mezi země, které tvrdě postihují obchod s drogami a jejich držení, přechovávání a požívání. Za drogové delikty je ukládán trest smrti a v r. 2013 byl obnoven jeho výkon, předtím pozastavený. Cizinců odsouzených k trestu smrti je v současnosti několik desítek.

V posledním desetiletí bylo proti cizincům v Indonésii směrováno několik teroristických útoků, od výbuchu na Bali v r. 2002 přes odpálení náloží ve dvou hotelích v Jakartě v r. 2009 až po útoky v centru Jakarty v lednu 2016. Hlavní militantní islamistická organizace Jemaah Islamiyah dnes v zemi nemá funkční strukturu, nicméně nebezpečí teroristických útoků trvá. V posledních letech šlo o akce malých skupin nebo jednotlivců, namířené proti místním, zejména policejním cílům. Nelze ale vyloučit, že mohou být opět zaměřeny na místa, kde se shromažďují cizinci, jako jsou noční kluby, bary, restaurace, hotely a letiště.

Znalost cizích jazyků mimo hlavní turistická centra je slabší, v hotelích je však možné se domluvit anglicky bez větších problémů. Z velké většiny nižší indonéští úředníci anglicky nehovoří a při jednání s úřady je nutné počítat s byrokratickými průtahy, které mohou pobyt v zemi znepříjemnit. Nedodržení imigračních zákonů (např. pobyt po ukončení doby platnosti víza, pohyb v citlivých oblastech země bez patřičného povolení) se trestá pokutou nebo vyhoštěním.
Provincie

Papua a Západní Papua – V indonéské části ostrova Papua pokračují sporadické útoky ozbrojených separatistických skupin proti úřadům centrální vlády a podél hranice s Papuou-Novou Guineou je trvale rozmístěna indonéská armáda. Vstup do provincií Papua a Západní Papua je možný pouze s povolením (Surat Keterangan Jalan – SKJ) od místního imigračního úřadu nebo policie ve městech Jayapura, Biak a Sorong. K vydání povolení se vyžaduje pas, fotografie a jména míst, která cestovatel plánuje navštívit. Novináři, kteří se chystají v provincii natáčet, fotografovat nebo psát reportáže, potřebují speciální povolení a vízum odpovídajícího typu. Pro tyto účely nelze využít turistické vízum. Při plánování cesty je vhodné myslet i na způsob evakuace v případě úrazu, v oblasti neexistuje záchranná služba.

Aceh – Život v Acehu hluboce poznamenala ničivá vlna tsunami v roce 2004 a předtím 30letý separatistický konflikt s indonéskou vládou, ukončený dohodou v roce 2005. Aceh získal rozsáhlou autonomii a prošel zásadní rekonstrukcí, ale tamní situace stále není zcela stabilní. Projevy politického násilí provázely volbu guvernéra Acehu v dubnu 2012. V provincii platí islámské právo šaría a místní policie dohlíží na jeho respektování. Zaměřuje se především na místní obyvatele, ale zaznamenány byly i případy, kdy se terčem jejího zájmu stali i zahraniční návštěvníci.

Moluky a Severní Moluky – Po střetech mezi křesťany a muslimy v letech 1999 a 2002 ve městě Ambon, při nichž zahynulo několik tisíc lidí, dochází v oblasti k občasným výbuchům násilí a je vhodné se před návštěvou informovat o aktuální situaci v oblasti.
Severní a Střední Sulawesi – Při cestě do oblastí na hranici s Filipínami je dobré vědět, že na jihozápadě Filipín v provinciích Sulu a Basilan operuje teroristická skupina Abu Sayyafa v počtu kolem 300 mužů, napojená na al-Káidu.V provincii Střední Sulawesi nelze vyloučit možnost politicky motivovaného násilí. Střety mezi muslimy a křesťany významně omezila dohoda z roku 2001, nicméně i v posledních letech se objevují ojedinělé incidenty.

Bali a Lombok - Na ostrově Bali může dojít k okradení nepozorných turistů při výměně peněz v malých improvizovaných směnárnách a dále k drobným kapesním krádežím; násilná loupežná přepadení jsou spíše výjimkou. Majetkovou trestnou činnost tohoto rozsahu policie prakticky nevyšetřuje, pouze sepíše protokol a tím případ uzavře. Požívání místního destilátu – araku – nebo z něj míchaných nápojů může být životu nebezpečné. Na některých místech se nabízí arak destilovaný za velmi primitivních podmínek bez náležité technologické kontroly, obsahující metanol. Na jaře 2009 v důsledku požití araku ze stejného zdroje zemřelo přes 20 cizinců, jednotlivé případy úmrtní zahraničních turistů po požití araku byly zaznamenány i v roce 2012 a 2013. Na Bali je třeba se vyvarovat jakéhokoliv kontaktu s potulnými psy, kočkami a opicemi, mezi nimiž je častý výskyt vztekliny. Návštěvníkům Lomboku, kteří hodlají provozovat vysokohorskou turistiku v okolí sopky Rinjani, se doporučuje využívat k doprovodu pouze registrovaných průvodců. Na ostrově působí skupiny, které se zaměřují na loupežné přepadávání zahraničních návštěvníků.