Pro implementaci požadavků vyplývajících z Úmluvy byla v roce 1997 vytvořena Orga­nizace pro zákaz chemických zbraní se síd­lem v Haagu (Organization for the Prohibi­tion of Chemical Weapons, dále OPCW).Úkolem OPCW je především monitorování a verifikace likvidace existujících zásob che­mických zbraní a objektů pro jejich výrobu a kontrola nešíření chemických zbraní za­hrnující monitoring chemického průmyslu včetně přeshraničního pohybu chemických látek relevantních z hlediska Úmluvy. Dal­šími oblastmi činnosti OPCW jsou koordi­nace ochrany a pomoci smluvním státům pro případ nebezpečí použití chemických zbraní a mezinárodní spolupráce v rámci využívání chemického průmyslu pro mírové účely. OPCW má tři orgány - Konferenci smluvních států, Výkonnou radu a Technický sekretariát.

Orgány OPCW:

Hlavním orgánem OPCW, podobně jako u jiných verifikačních režimů mezinárodních smluv, je K on­ference smluvních států (Conference of the States Parties) složená ze všech smluvních států, jež je oprávněna přijímat všechna důležitá rozhodnutí týkající se procesu implementace Úmluvy. Konfe­rence posuzuje veškeré otázky v rozsahu stanoveném Úmluvou a může vydávat doporučení a přijímat rozhodnutí k veškerým otázkám a záležitostem týkajícím se Úmluvy, které vznese smluvní stát nebo je předloží Výkonná rada. Dohlíží na provádění Úmluvy, přijímá opatření k realizaci jejího ob­sahu a cíle, vyhodnocuje její dodržování a vykonává dozor nad činností Výkonné rady a Technické­ho sekretariátu. Její řádná zasedání se konají jednou ročně, Úmluva dále stanoví povinnost svolání zvláštního zasedání konference v pravidelných dlouhodobějších intervalech za účelem zhodnocení dosavadní implementace jejích požadavků.

Výkonná rada (Executive Council) je exekutivním orgánem OPCW. Sestává z 41 smluvních států, které jsou do ní voleny na bázi regionálního zastoupení na dobu 2 let. Je odpovědná Konferenci a je­jím úkolem je napomáhat efektivnímu provádění a dodržování Úmluvy. Dohlíží na činnost Technic­kého sekretariátu, spolupracuje s národními orgány smluvních států a na požádání koordinuje je­jich vzájemné konzultace. Posuzuje a předkládá Konferenci ke schválení návrh programu a rozpočtu OPCW, návrh zprávy OPCW o implementaci Úmluvy, návrh zprávy o své vlastní činnosti a příp. dal­ší zvláštní zprávy, organizačně zajišťuje zasedání Konference včetně přípravy návrhu pořadu jedná­ní, může požádat o svolání zvláštního zasedání Konference, po předběžném schválení Konferencí uzavírá jejím jménem dohody nebo ujednání se státy a mezinárodními organizacemi, jménem OPCW uzavírá dohody se smluvními státy týkající se pomoci a ochrany proti chemickým zbraním, schva­luje dohody nebo ujednání o provádění verifikační činnosti, které byly sjednány mezi Technickým sekretariátem a smluvními státy, a posuzuje veškeré záležitosti v rámci svých kompetencí daných Úmluvou včetně obav z možného nedodržování Úmluvy. V případě pochybností o dodržování Úmlu­vy konzultuje dotčené smluvní státy, podle potřeby vyzve smluvní stát, aby v určeném termínu při-jal opatření k nápravě situace, a pokud uzná za nezbytné přijmout další opatření, má zmocnění in­formovat o vzniklé situaci všechny smluvní státy, a/nebo informovat Konferenci a doporučit jí opatření, která by danou situaci řešila. Ve výjimečných případech se může obrátit přímo na Valné shromáždění a Radu bezpečnosti OSN.

Ve Výkonné radě je v souladu s klíčem stanoveným Úmluvou zastoupeno 5 regionálních skupin (Afrika 9, Asie 9, Východní Evropa 5, Latinská Amerika a Karibik 7 a Západní Evropa a jiné státy 10 zástupců; 1 další místo je obsazováno na základě rotačního principu smluvním státem z Asie ne­bo Latinské Ameriky a Karibiku). Konference volí členy Výkonné rady navržené jednotlivými regio­nálními skupinami při zohlednění rovnoměrného geografického zastoupení, důležitosti národního chemického průmyslu a politických a bezpečnostních zájmů. Členství ve Výkonné radě trvá dva ro­ky, Konference na svém pravidelném zasedání volí vždy polovinu z jejích členů. Předseda Výkonné rady je volen na posledním pravidelném zasedání Výkonné rady před uplynutím ročního funkčního období předcházejícího předsedy.

Během roku se Výkonná rada schází na 4 řádných cca čtyřdenních zasedáních, v případě potřeby jsou svolávány mimořádné (většinou jednodenní) schůzky Výkonné rady. V období mezi formálními zasedáními či schůzkami se členové Výkonné rady za účasti dalších smluvních států schází na ne­formálních zasedáních a konzultacích Výkonné rady a na konzultacích v rámci jednotlivých pra­covních skupin rozdělených podle předmětu řešené problematiky do 4 tzv. clusterů - jejich účelem je projednání detailních aspektů nedořešených či sporných otázek a nalezení konsensuálního řešení před předložením relevantního návrhu postupu či opatření v dané otázce k projednání či schválení Výkonné radě. Neformální zasedání Výkonné rady a některé další konzultace řídí rovněž předseda Výkonné rady. Za problematiku clusterů (otázky chemických zbraní, chemického průmyslu, admi­nistrativní a finanční otázky, a právní, organizační a ostatní otázky) zodpovídá příslušný místo-předseda Výkonné rady, který v průběhu každého pravidelného zasedání Výkonné rady informuje o pokroku dosaženém v meziobdobí v dané oblasti. Pracovní skupiny k otázkám spadajícím do jed­notlivých clusterů jsou vedeny facilitátory za účasti zástupců Technického sekretariátu a scházejí se podle aktuální potřeby několikrát do týdne. Výkon funkce předsedy Výkonné rady je spojen rovněž s předsednictvím tzv. Bureau Výkonné rady (Bureau of the Executive Council), které je složeno z předsedy, 4 místopředsedů zodpovědných za jednotlivé oblasti nedořešených otázek v rámci OPCW a vrcholných zástupců Technického sekretariátu.

Během předsednictví České republiky se Bureau scházelo relativně často - cca 1 měsíčně - k pro­jednání stavu přípravy bodů agendy nadcházející Výkonné rady a za účelem řešení všech aktuálních otázek týkajících se činnosti Výkonné rady a OPCW, či souvisejících s bilaterálními jednáními se členy Výkonné rady a Technického sekretariátu. Z procesně-právního hlediska se činnost Konference smluvních států a Výkonné rady opírá vedle Úmluvy rovněž o Procesní pravidla Konference/Výkonné rady (Rules of Procedure of the Conference of the States Parties/Executive Council).

Technický sekretariát uskutečňuje kontrolní opatření stanovená Úmluvou, pomáhá Konferenci a Výkonné radě při plnění jejich funkcí a plní další úkoly, které pro něho vyplývají z Úmluvy nebo kterými ho Konference či Výkonná rada pověří. Má cca 500 pracovníků (včetně cca 200 inspektorů) a v jeho čele stojí generální ředitel.

OPCW disponuje rovněž několika poradními orgány, z nichž nejvýznamnější jsou Výbor pro admi­nistrativní a finanční otázky (Advisory Body on Administrative and Financial Matters - ABAF) a Vědecký poradní sbor (Scientific Advisory Board - SAB). ABAF je tvořen cca 15 odborníky v ob­lasti administrativního managementu a financí, kteří posuzují a vydávají doporučující stanoviska zejména k otázkám rozpočtu; zasedá dvakrát ročně. SAB tvoří cca 20 významných vědců ze smluv­ních států s odbornými znalostmi v oblasti chemie, toxikologie, chemické analýzy, vlastností bojo­vých chemických látek a jejich bezpečné likvidace, průmyslové chemie a chemického inženýrství. Tento Vědecký poradní sbor, jehož zasedání se konají jedenkrát ročně, dává doporučení týkající se odborných chemických otázek.

První hodnotící konference , jejímž účelem bylo zhodnotit dosažený stav implementace Úmluvy od je­jího vstupu v platnost, proběhla v r. 2003. Jejím výstupem byla Politická deklarace a Hodnotící do­kument metodicko - technického charakteru obsahující doporučení a úkoly pro činnost Výkonné ra­dy, Technického sekretariátu i smluvních států. Vedle důrazu na dosažení univerzality Úmluvy a úplnou implementaci požadavků Úmluvy na národní úrovni je v tomto dokumentu věnována klíčová pozornost především optimalizaci verifikační činnosti, posouzení vývoje vztahujícího se k che­mickým látkám včetně případných návrhů změn v seznamech kontrolovaných chemických látek, kontrole transferu chemických látek, stanovení principů v oblasti mezinárodní spolupráce a admi­nistrativním a finančním aspektům.