En aquella época viajó con un grupo de etnógrafos a la región del Guaviare para visitar a los pueblos indígenas en su entorno natural. Sin embargo, la situación en la zona era distinta de lo que los especialistas habían imaginado. La población indígena, expulsada de sus territorios por el conflicto armado entre los llamados guerrilleros, se había refugiado en las cercanías de San José del Guaviare, donde estaba protegida por el ejército frente a minas antipersonal, secuestros y otros peligros.

Durante su visita, Mirko Popelka conoció a Ángela Patricia Rivera Mejía, profesora del Servicio Nacional de Aprendizaje (SENA), quien ayudaba a las personas desplazadas que llegaban desde territorios peligrosos. Ella le presentó a la comunidad Jiw, recién llegada y asentada en tierras que el gobierno les había asignado en la zona de Barrancón. Con el tiempo se hicieron amigos y Mirko Popelka pasó a ser conocido como el “hermano Miro de la República Checa”.

Ángela Rivera, fundadora de la organización Fundoscega, le dio a conocer proyectos enfocados en la educación de niños pertenecientes a comunidades afectadas por la guerra. Como profesora del SENA, también forma a futuros docentes provenientes de estas comunidades. Motivado por esta realidad, Mirko decidió ayudar a los niños indígenas.

En 2024 asumió la dirección de la Fundación Grand Amazonia, sucediendo a Mnislav Zelený-Atapana, con el objetivo de continuar su labor de toda una vida en favor de los pueblos indígenas de América. La misión de la fundación es apoyar la educación en las comunidades indígenas de la región del Guaviare, poniendo especial énfasis en la preservación de las tradiciones y la cultura ancestrales. Hoy en día, en San José del Guaviare, a menudo escucha frases como: “Tú eres el checo que ayuda a los indígenas; ayuda también a los recién llegados para que los niños no tengan que dormir en las calles ni mendigar”.

Para trabajar con las comunidades locales es necesario formar parte de ellas y conocer los problemas cotidianos no solo de los niños, sino también de los adultos. Esto se ha logrado especialmente en la comunidad Jiw, que lo ha acogido como uno de los suyos. Uno de los proyectos consiste en ayudar a los niños a comprender que, mediante su propio trabajo y la conservación de sus tradiciones culturales, pueden contribuir tanto a su bienestar personal como al de toda la comunidad. Los niños aprenden a pintar sobre papel y seda, así como a elaborar artesanías tradicionales siguiendo las técnicas de sus antepasados. Sus obras ya han sido exhibidas en varias ocasiones en la República Checa.

El proyecto incluye también el trabajo de un psicólogo que investiga cómo estas actividades comunitarias influyen en el comportamiento de los participantes. Se ha observado que los niños involucrados en el programa muestran una menor tendencia al consumo de alcohol y drogas. El objetivo es desarrollar, a partir de estas experiencias, una metodología que pueda aplicarse en otras comunidades con necesidades similares, siguiendo el principio «Niño entretenido, niño tranquilo».

Otra tarea de la fundación es la adquisición de materiales escolares básicos. Dado el elevado costo de un autobús escolar, se optó por una solución más accesible: la compra de bicicletas para que los niños puedan desplazarse a la escuela. Asimismo, la fundación prepara la publicación de un amplio diccionario de la lengua Jiw. Otra de sus actividades, dirigida no solo a estudiantes indígenas, consiste en conferencias impartidas en el Instituto de Idiomas de San José del Guaviare, donde los alumnos estudian inglés y Mirko Popelka les habla sobre la historia y la lengua checas, así como sobre la vida en Europa.

Un gran desafío y una importante meta para el futuro es la construcción y gestión de un internado en la selva, que permita preparar a los niños para convivir con el mundo moderno. No obstante, es fundamental que los niños puedan seguir manteniendo el contacto con sus familias; todo debe basarse en la voluntariedad y la confianza mutua.

Otro proyecto de la Fundación Grand Amazonia consiste en ayudar a las comunidades indígenas a gestionar y aprovechar las tierras que les han sido asignadas y que son aptas para la agricultura.

También otras comunidades se ven obligadas a trasladarse a las ciudades. Tanto el gobierno colombiano como las Naciones Unidas cuentan con programas de apoyo, y numerosos voluntarios participan igualmente en estas labores. Además, otras personas de la República Checa han mostrado interés en colaborar con estos esfuerzos solidarios.