Il Pellegrinaggio Nazionale Ceco è stato aperto il giorno 11 novembre 2019 dai vescovi cechi e moravi con le litanie dedicate ai patroni nazionali cechi nella Basilica di San Clemente presso la tomba di San Cirillo. Successivamente l'inizio solenne ha avuto luogo in presenza di quasi 3.000 pellegrini cechi nella Basilica di Santa Maria Maggiore. La messa è stata celebrata dall'Arcivescovo di Olomouc, Mons. Jan Graubner, il predicatore è stato il Vescovo di Brno, Mons. Vojtěch Cikrle.

Al Pellegrinaggio Nazionale hanno partecipato anche i rappresentanti dello Stato con la Delegazione parlamentare sotto la guida dei Vicepresidenti del Senato del Parlamento della Repubblica Ceca, Onorevole Jiří Oberfalzer e Onorevole Miluše Horská, insieme al Ministro degli Affari Esteri della Rep. Ceca Tomáš Petříček. Parte integrante del loro programma è stato anche l'incontro con il Segretario per i Rapporti con gli Stati Mons. Paul Richard Gallagher.

La Messa Solenne principale in occasione del pellegrinaggio nel giorno dell'anniversario della Canonizzazione di Sant'Agnese è stata celebrata nella Basilica di San Pietro dall'Arcivescovo di Praga Dominik Cardinale Duka, il predicatore è stato il Vicario Generale e Vescovo ausiliare dell'Arcidiocesi di Praga Mons. Zdeněk Wasserbauer. La processione dei vescovi si è spostata al termine della messa all'Altare di San Venceslao per una preghiera per la patria e successivamente i vescovi insieme alla Delegazione sono scesi nelle Grotte Vaticane per la preghiera alla statua di Sant'Agnese di Boemia e alla lastra commemorativa del Cardinale Beran.

In serata dello stesso giorno ha avuto luogo nella Basilica di San Giovanni in Laterano il concerto solenne Il Cielo Ceco, preparato dalla Società Artistica di Trautzl in collaborazione con la Banda della Guardia Presidenziale del Castello e della Polizia della Rep. Ceca. Il Cielo Ceco è un ciclo di 11 cantate sui Santi cechi composto dal rinomato compositore e dirigente della Banda della Guardia Presidenziale del Castello e della Polizia della Rep. Ceca colonnello Jan Zástěra.

Durante il pellegrinaggio si sono esibiti anche i cori Collegium hortense e SMoG insieme ad altri cantanti che hanno cantato senza alcun ricompenso un vasto repertorio, inoltre hanno partecipato al pellegrinaggio i cori Schola della Gioventù di Brno sotto la guida di Štěpán Policer e il coro del Ginnasio di Stojan di Velehrad sotto la guida di Filip Macek. I cori hanno accompagnato insieme alla Banda della Guardia Presidenziale del Castello e della Polizia della Rep. Ceca tutte le messe e inoltre hanno avuto i loro concerti durante l'intero il Pellegrinaggio Nazionale Ceco.

Il culmine del pellegrinaggio è stata l'Udienza Generale del Papa Francesco in Piazza San Pietro il 13 novembre. Al Papa è stato consegnato solennemente il dono dei pellegrini cechi accompagnato dal canto della canzone dedicata a Sant'Agnese di Boemia. Il dono rappresenta la statua "Corona di Sant'Agnese di Boemia" dall'atelier dello scultore accademico Daniel Trubač e il dono finanziario nell'ammontare di 1,2 milioni di corone ceche (circa 50.000 euro) per i poveri e bisognosi. L'Udienza Generale è stata accompagnata dal canto dei citati cori composti da 140 persone.

L'Ambasciata della Repubblica Ceca presso la Santa Sede ha inoltre collaborato con il Gran Priorato del Sovrano Militare ordine di Malta a Praga che si è occupato del trasporto e assistenza ai pellegrini cechi diversamente abili.

La messa conclusiva del Pellegrinaggio Nazionale si è svolta nella Basilica di San Giovanni in Laterano ed è stata presieduta dal Vescovo di Litoměřice Mons. Jan Baxant. Omelia è stata pronunciata dal Vescovo di České Budějovice Mons. Vlastimil Kročil. Il simbolo lampante è il fatto che la messa finale si è svolta lo stesso giorno del termine del Pellegrinaggio Nazionale di 30 anni fa.