J.E. František Xaver Halas předal své pověřovací listiny tehdejšímu papeži Janu Pavlu II. na sklonku roku 1990 a stal se po čtyřiceti letech přerušených diplomatických vztahů se Svatým stolcem mimořádným a zplnomocněným velvyslancem České a Slovenské Federativní republiky a od roku 1993 i prvním mimořádným a zplnomocněným velvyslancem České republiky při Svatém stolci, Suverénním řádu maltézských rytířů a Republice San Marino a ve své funkci působil až do roku 1999.

Byl rovněž významným historikem a překladatelem. Ve svých pracích se zaměřoval především na církevní dějiny, zejména české a novodobé, a dějiny diplomacie a mezinárodních vztahů. Je autorem knihy Fenomén Vatikán, která představuje nejucelenější českou monografii zabývající se podrobně Vatikánem a papežským úřadem. Se svou manželkou Dagmar Halasovou se po 30 let věnoval i překladu Jeruzalémské bible.