V oblasti školství se spolupráce odvíjí především v oblasti výměny stáží vysokoškolských studentů a profesorů a vědecké spolupráce mezi univerzitami. Studentská výměna existuje rovněž na úrovni středoškolské, kdy každoročně vyjíždí do Brazílie desítky českých středoškoláků na jednoroční studijní pobyt. Rovněž tak existují přímá partnerství mezi jednotlivými univerzitami obou zemí.

V roce 2008 bylo mezi Českou republikou a Federativní republikou Brazílie podepsáno Memorandum o spolupráci v oblasti vzdělávání.