Las relaciones diplomáticas entre la República Checoslovaca y Guatemala fueron establecidas el 27 de febrero de 1927. Hasta el aňo 1939 fue en Guatemala acreditado el Jefe de la Misión checoslavaca con sede en México. El día 4 de diciembre de 1943 Guatemala reconoció el Gobierno de exilio checoslovaco con la sede en Londres. Después de la II-a Guerra Mundial con la excepción de los aňos 1954 - 1955 ambos países no siguieron en las relaciones diplomáticas activas.

La República Checa independiente (sucesor de la ex-Checoslovaquia) fue reconocida por Guatemala el 19 de abril de 1993 y a la misma fecha fueron establecidas relaciones diplomáticas entre ambos países por medio de una firma de un Comunicado conjunto en la sede de la Delegación Permanente de la ONU en Nueva York. En Guatemala está acreditado Jefe de la Misión con la sede en México, quién es el Embajador Ľubomír Hladík. El Embajador de Guatemala acreditado en la República Checa reside en Viena.

En el mes de Mayo del 1994 se abrió el Consulado Honorario de la República Checa en Guatemala dirigido por la Sra. Eva Markusová. Debido al falleciminto de la Sra. Markusová, Cónsul Honoraria de la República Checa en Guatemala, el Consulado Honorario de la República Checa en Guatemala ha sido clausurado en Septiembre del 2002. En el aňo 2005 el Consulado Honorario fue reabierto, siendo el Cónsul Honorario Sr. José Luis Guzmán.

En el mes de Octubre del 1995 ha sido abierto el Consulado Honorario de la República de Guatemala en Praga con el Cónsul Honorario Sr. Ludvík Hubený.