Tras estudiar en Strážnice, Brno y Viena, se licenció en la Facultad de Filosofía en 1876 con una tesis sobre Platón. Mientras estudiaba en Leipzig, conoció a su futura esposa, la estadounidense Charlotte Garrigue, en 1877, y se casó con ella un año después en Nueva York. En 1882 fue nombrado profesor de filosofía en la universidad de Praga. En 1890 se afilió con unos amigos al Joven Partido Checo y al año siguiente fue elegido miembro del Consejo Imperial. Defendió tanto una mayor autonomía de los países checos como los intereses de los pueblos eslavos del sur. Al mismo tiempo, sin embargo, Masaryk también se preocupaba por las cuestiones sociales, apoyando la jornada laboral de ocho horas y el sufragio universal.

Utilizó sus contactos y durante la Primera Guerra Mundial, junto con Edvard Beneš y Milan Rastislav Štefánik, contribuyó a la creación de un nuevo Estado: Checoslovaquia. El reconocimiento internacional de Checoslovaquia se vio muy favorecido por la creación de legiones en Rusia y otros países europeos, que Masaryk apoyó activamente. 

La noticia de la revolución en Praga y la creación de Checoslovaquia el 28 de octubre de 1918 llegó a Masaryk en América, al igual que la noticia de su elección como Presidente. De regreso a casa, visitó Inglaterra, Francia e Italia como Presidente, así como a los legionarios checos, y el 21 de diciembre de 1918 fue recibido triunfalmente en Praga. A finales de 1935 Masaryk abdicó por motivos de salud y murió el 14 de septiembre de 1937. Su funeral fue una gran manifestación nacional por la libertad y la democracia.