Vybudování české stanice v Antarktidě a pravidelné vysílání vědeckých expedic ocenilo mezinárodní společenství uznáním kvalifikovaného členství České republiky (tzv. konzultativní status) v systému Smlouvy o Antarktidě. Od r. 2014 se tak Česká republika může jako jedna z pouhých 29 zemí na světě aktivně podílet na rozhodování o právním režimu bílého kontinentu.

V místě dnešní stanice probíhal vědecký výzkum českými vědci již před její výstavbou, od r. 2004. V průběhu let se na stanici vystřídali nejen vědci z Masarykovy univerzity, ale také dalších českých vědeckých pracovišť, mezi kterými nechybí Univerzita Karlova v Praze, Česká geologická služba, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, několik ústavů Akademie věd ČR či Ostravská univerzita. Mnoho dalších pracovišť se stanicí dlouhodobě spolupracuje, např. České vysoké učení technické v Praze, Vysoké učení technické, Středoevropský technologický institut CEITEC a další. Díky unikátnímu projektu registrované obchodní známky Testováno v Antarktidě, který spravuje Centrum pro transfer technologií Masarykovy univerzity, spolupracuje stanice s průmyslem a aplikační sférou, a to jak na domácí tak i na zahraniční úrovni.

Stanice a její infrastruktura poskytla též zázemí pro práci vědců z Argentiny, Brazílie, Chile, Irska, Portugalska, Slovenska, Turecka i Velké Británie. Vědecká a technicko-logistická spolupráce zahrnuje navíc země jako Itálii, Jižní Koreu, Německo, Polsko, Rusko, Španělsko či Uruguay.

V letošním roce je výzkum Českého antarktického výzkumného programu na stanici zaměřen zejména na pokračování v dlouhodobém monitoringu klimatu a komplexním sledování stavu polárních geo- a ekosystémů, tedy tamních ledovců, věčně zmrzlé půdy, odledněného území umožňujícího růst nižších rostlin, říčních a jezerních systémů a dalších geomorfologických útvarů. Zoologické výzkumy se týkají především ptáků (např. rybáci, chaluhy, buřňáci, tučňáci) a savců (tuleni, lachtani, rypouši).

Především pro usnadnění provozu České vědecké stanice Johanna Gregora Mendela byly sjednány bilaterální smlouvy o spolupráci v Antarktidě se státy Latinské Ameriky: V r. 2009 ČR sjednala mezivládní dohodu s Chile, v r. 2010 pak s Argentinou.

Po patnácti letech provozu české stanice přinesl dlouhodobý výzkum množství výsledků; vědeckých publikací vzniklých díky stanici je již hodně přes tři sta. Výzkum prováděný na Johann Gregor Mendel Czech Antarctic Station má pozitivní ohlas i v mezinárodní komunitě: Český antarktický výzkumný program sídlící na Geografickém ústavu Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity, který infrastrukturu spravuje, má své zástupce ve všech klíčových mezinárodních organizacích, včetně například pozice místopředsedy Výboru manažerů národních antarktických programů (COMNAP).