Mezinárodní humanitární právo je významným odvětvím mezinárodního práva, které se aplikuje v době ozbrojeného konfliktu. Česká republika je smluvní stranou Ženevských úmluv o ochraně obětí ozbrojených konfliktů z roku 1949, všech jejich třech dodatkových protokolů a dalších smluv z této oblasti. K vnitrostátnímu provádění závazků spojených s mezinárodním humanitárním právem byla zřízena Národní skupina pro implementaci mezinárodního humanitárního práva, která je stálým koordinačním a poradním orgánem pro zúčastněné subjekty v otázkách souvisejících s problematikou mezinárodního humanitárního práva. Národní skupině předsedá Ministerstvo zahraničních věcí a účastní se jí zástupci Ministerstva obrany, Ministerstva vnitra, Ministerstva spravedlnosti, Ministerstva kultury, Ministerstva zdravotnictví, Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy, Ministerstva životního prostředí, Ústavu mezinárodních vztahů a Českého červeného kříže. Konkrétním výstupem činnosti Národní skupiny je Informační materiál o pojmu a obsahu koncepce Odpovědnosti za ochranu, zpracovaný na základě grantu Ministerstva zahraničních věcí.

Mezinárodní trestní soudnictví je důležitým prvkem podpory šíření respektu k lidským právům, mezinárodního humanitárního práva, vlády práva a principu dobrého vládnutí, které patří mezi základní pilíře české zahraniční politiky. Česká republika podporuje činnost mezinárodních trestních tribunálů v čele s Mezinárodním trestním soudem, pravidelně poskytuje dobrovolné příspěvky na jejich činnost a aktivně nominuje vysoce kvalifikované odborníky na místa soudců mezinárodních tribunálů. Ministr zahraničních věcí je od roku 2012 členem Neformální sítě ministrů podporujících Mezinárodní trestní soud. Ministerstvo zahraničních věcí je gestorem Římského statutu Mezinárodního trestního soudu, který byl přijat dne 17. 7. 1998 na mezinárodní konferenci v Římě. Česká republika se stala 110. smluvní stranou Římského statutu dne 1. 10. 2009. Česká republika se aktivně účastnila revizní konference v ugandské Kampale, kde byly v roce 2010 přijaty tzv. kampalské změny Římského statutu týkající se zločinu agrese a rozšiřující kategorii válečných zločinů. Česká republika dokončila ratifikační proces obou kampalských změn a dne 12. 3. 2015 uložila listiny o jejich přijetí. 16. Shromáždění smluvních stran Římského statutu Mezinárodního trestního soudu (4.–14. 12. 2017, New York) na svém závěrečném zasedání konsensuálně přijalo rezoluci, kterou aktivuje jurisdikci tohoto Soudu nad zločinem agrese s datem od 17. července 2018, na které připadne 20. výročí od přijetí Římského statutu.

Ministerstvo zahraničních věcí předsedá komisi pro výběr kandidáta pro funkci soudce Mezinárodního trestního soudu. Soudcem Mezinárodního trestního soudu pro funkční období 2012–2021 byl v prosinci 2011 zvolen soudce Nejvyššího soudu JUDr. Robert Fremr. U Zvláštního tribunálu pro Libanon působí od roku 2013 soudkyně JUDr. Ivana Hrdličková, jež byla generálním tajemníkem OSN v roce 2015 jmenována jeho předsedkyní.  Ministerstvo zahraničních věcí se podílí na aktivitách EU ve vztahu k mezinárodnímu trestnímu soudnictví (které vycházejí zejména z Rozhodnutí  Rady 2011/168/SZBP ze dne 21. března 2011 o Mezinárodním trestním soudu a na něj navazující Akční plán) a zajišťuje účast České republiky na Shromáždění smluvních stran Římského statutu Mezinárodního trestního soudu. Česká republika byla v letech 2011–2014 členem Byra Shromáždění smluvních stran, a v roce 2014 byla opětovně zvolena jeho členem na další období let 2015-2017. Byro vykonává řídící a administrativní funkce v mezidobí každoročního zasedání Shromáždění smluvních stran. Od roku 2015 působí Česká republika jakožto regionální kontaktní stát východoevropské skupiny pro problematiku nespolupráce.

V rámci Národní skupiny pro implementaci mezinárodního humanitárního práva působí pracovní skupina pro mezinárodní trestní soudnictví, jež v roce 2014 připravila Informační materiál o vztahu České republiky k mezinárodnímu trestnímu soudnictví, jehož cílem je především informovat o existenci mezinárodních trestních tribunálů, o vztahu České republiky k nim a o právním rámci spolupráce českých orgánů s mezinárodními trestními tribunály.