Institucionálního charakteru nabyla Evropská rada, uskupení šéfů států a vlád členských států EU, která určuje strategické směry dalšího vývoje EU a jejich politické priority. Institucionalizace ER se projevuje hlavně v tom, že je Smlouvou o EU nově nadána přijímat právní akty. Evropská komise i po úpravách Lisabonské smlouvy zůstává hlavním iniciátorem tvůrcem unijního legislativního procesu. Evropský parlament na základě Lisabonské smlouvy dále posílil své postavení, zvláště v legislativním procesu, a to zejména rozšířením oblastí, kdy unijní předpisy bude vytvářet společně s Radou prostřednictvím procedury spolurozhodování. Roli soudního přezkumu si podobně jako v dosavadním vývoji EU uchoval Evropský soudní dvůr.