GIA má postavení odboru a tvoří jej "oddělení generální inspekce" a “oddělení interního auditu”.

Činnost GIA je především preventivní a je zaměřena zejména na hospodárnost, efektivnost a účelnost výkonu veřejné správy, na dodržování obecně závazných právních předpisů a vnitřních předpisů MZV při plnění úkolů MZV jeho zaměstnanci v ústředí i v zahraničí, na odstraňování chyb při kontrolách a nedostatků zjištěných při auditech a předcházení jejich výskytu a proti zneužívání jejich postavení v rámci MZV. Tutéž činnost vykonává ve vztahu k dalším organizacím v působnosti MZV.

Koordinuje součinnost MZV s orgány vnější kontroly a s orgány činnými v trestním řízení a plní úkoly kontaktního místa pro bezpečnostní orgány. Ve věcech výstupů z její činnosti plní oznamovací povinnost a činí další úkony podle obecně závazných právních předpisů, které jsou závazné pro ústřední orgány státní správy ČR.

Oddělení generální inspekce

· provádí samostatně kontroly nebo zajišťuje jejich provedení smluvním subjektem,  zejména specializovanou vnitřní kontrolu útvarů MZV v ústředí nebo zastupitelských úřadů v zahraničí se zaměřením na dodržování hospodárnosti, efektivnosti a účelnosti plnění úkolů útvary MZV v ústředí a zastupitelskými úřady v zahraničí při nakládání s majetkem státu a s prostředky státního rozpočtu - rozpočtové kapitoly MZV;

· následnou veřejnosprávní kontrolu u podřízených organizací MZV podle zákona o finanční kontrole, především nemají-li ustanoven interní audit;

· v případech, kdy to ukládá nebo umožňuje zákon, specializovanou kontrolní činnost u příjemců dotací ze státního rozpočtu – rozpočtové kapitoly MZV nebo z evropských fondů, se zaměřením na účelné vynakládání a použití těchto finančních prostředků;

· koordinuje specializovanou kontrolní činnost gestorských útvarů MZV u příjemců dotací ze státního rozpočtu – rozpočtové kapitoly MZV nebo z evropských fondů, se zaměřením na účelné vynakládání a používání těchto finančních prostředků.

· přijímá oznámení na podezření z porušení obecně závazných právních předpisů nebo vnitřních předpisů MZV zaměstnanci MZV nebo podřízených organizací, jejichž zřizovatelem je MZV, provádí nebo zajišťuje provedení jejich šetření a eviduje oznámené případy;

· v oblasti boje proti korupci koordinuje činnost útvarů MZV a je kontaktním útvarem MZV ve vztahu k věcně příslušnému koordinačnímu útvaru vlády;

· přijímá a eviduje stížnosti na činnost zaměstnanců MZV a podřízených organizací MZV (vyjma stížností podle zákona č. 106/1999 Sb., o svobodném přístupu k informacím, ve znění pozdějších předpisů), a koordinuje jejich vyřizování s věcně příslušnými útvary MZV.

Oddělení interního auditu

·  plní povinnosti vyplývající z § 28 až 31 zákona o finanční kontrole, zejména předkládá ministrovi doporučení ke zdokonalování kvality vnitřního kontrolního systému, k předcházení nebo zmírnění rizik a k přijetí opatření k nápravě zjištěných nedostatků;

· provádí finanční audity, audity systémů, audity výkonu, a to jak v útvarech MZV v ústředí, tak na zastupitelských úřadech ČR v zahraničí, a předkládá ministrovi písemné zprávy o svých zjištěních, včetně návrhů opatření k nápravě;

· zajišťuje  ve smyslu zákona č. 181/2014 Sb., o kybernetické bezpečnosti a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů, prostřednictvím externího dodavatele služby výkonu interního auditu v oblasti kybernetické bezpečnosti MZV;

· vypracovává roční a střednědobé plány auditorské činnosti a zpracovává souhrnné roční zprávy o své činnosti;

· poskytuje konzultační činnost v oblasti své působnosti útvarům MZV.