Doporučuje se očkování proti žluté zimnici, břišnímu tyfu a žloutence typu A, při delším pobytu i proti žloutence typu B. Rozšířena je řada nemocí přenosných hmyzem (malárie, dengue, chikungunya, aj.) Malárie se vyskytuje ve vnitrozemí v období dešťů (listopad - duben) a na pobřeží celoročně. Další běžná zdravotní rizika představují bilharzie, tuberkulóza a vzteklina. 

Na Madagaskaru se rovněž vyskytuje dýmějový mor, bakteriální onemocnění přenášené na člověka především kousnutím infikovanými blechami. Nebezpečí přenosu je pro turisty minimální, zvýšenou opatrnost je třeba věnovat při kontaktu s hlodavci a dalšími divokými zvířaty (např. při kempování). V případě podezření na nákazu je zapotřebí rychle vyhledat lékařskou pomoc.

Doporučujeme věnovat zvýšenou pozornost vhodnému cestovnímu pojištění.

Běžné nemocnice a zdravotnická zařízení mají omezené vybavení a zásoby, zj. pak mimo hlavní město. Přiměřené podmínky pro poskytování lékařské péče jsou v hlavní metropoli v zařízeních Hôpital Militaire nebo Clinique des Soeurs Fransiscaines, příp. v soukromých klinikách. V daných zařízeních se vyžaduje platba za šetření předem.

Při vážnějších obtížích se doporučuje - pokud to dovoluje zdravotní stav - odjet ze země. Nejlépe domů, případně do JAR nebo na Réunion, o jehož Hôpital Bellepierre se tvrdí, že je nejlepší v regionu.

Důležitá telefonní čísla:
Záchranná linka 117