Bezpečnostní situace v Jižním Súdánu je extrémně nestabilní, nepředvídatelná a kritická. V zemi probíhají permanentní ozbrojené střety včetně etnických konfliktů, které ohrožují i hlavní město Džubu. Nedoporučují se jakékoli cesty do této země. Riziko teroristického útoku, ozbrojených loupeží, znásilnění či únosů je zcela reálné a extrémně vysoké v kterékoli oblasti včetně hlavního města. Mimo Džubu hrozí riziko nášlapných min, které jsou rozesety po celé zemi.

Fotografování veřejných míst či místních obyvatel je přísně zakázáno. Vyvíjení jakékoli novinářské činnosti či jejího náznaku je okamžitě postihováno a končívá zatčením a často i smrtí dotyčného. Místní obyvatelé v tomto ohledu aktivně spolupracují s policií a armádou.

Po setmění se nedoporučuje vůbec vycházet, neboť noční osvětlení je sporadické a cizinci se stávají snadným terčem.

Cestování mimo Džubu bez ozbrojeného doprovodu znásobuje veškerá rizika. Letiště a hraniční přechody bývají uzavírány v návaznosti na aktuální situaci bez jakéhokoli předchozího varování. Překročení pozemních hranic se vůbec nedoporučuje.

Možná pomoc ze strany českého velvyslanectví v Addis Abebě je omezena na telefonickou konzultaci v případě nouze. Většina zastupitelských úřadů členských států EU v zemi ukončila činnost.