Fue fundada en 1894 en la ciudad de Zlín por los hermanos Anna, Antonín y Tomáš. Desde 1932, tras la trágica muerte de su jefe y uno de sus fundadores, Tomáš Baťa, durante un accidente de avión, fue asumida por Antonín Baťa. En Zlín, la empresa ha construido una amplia gama de instalaciones para sus empleados, incluyendo viviendas, escuelas e instituciones culturales. Se construyeron "ciudades" similares en Eslovaquia y en el extranjero, por ejemplo en India.

Con el tiempo, pasó de la producción de zapatillas a otras variedades. Durante la Segunda Guerra Mundial, por ejemplo, el científico checo Otto Wichterle inventó el material y el proceso de producción para la fabricación de medias de nailon para mujeres.

Tras la Segunda Guerra Mundial, las fábricas de Bata en países socialistas fueron nacionalizadas sin compensación. Las ramas en los países occidentales permanecieron en propiedad familiar y fueron gestionadas tanto desde Sudamérica – Jan Antonín Baťa, como desde América del Norte – desde Canadá, por la familia de Tomáš Bata Jr.

Sede europea actual de la empresa está en Lausana, Suiza. La sede para la República Checa está nuevamente en Zlín.

El Libro Guinness de los Récords en 2004 señaló a la empresa Baťa como el "Mayor vendedor y fabricante de zapatos" de todos los tiempos, debido a que, según él, la empresa ya había vendido más de 14 mil millones de pares de zapatos a lo largo de su existencia.